Промысел Божий решил иначе. Правящему епископу Александру постановление семинарского правления показалось слишком строгим. Он предложил ограничиться лишь дисциплинарными взысканиями, что и было подтверждено Синодом. В результате никого не уволили. Первую группу виновных наказали карцером, а вторую – «двухдневным голодным столом». Всем был снижен балл по поведению. Виновного в возмущении семинаристов преподавателя перевели из Тамбовской семинарии в другую и назначаили там смотрителем. Иван же свое наказание в карцере впоследствии описывал так: «Это была особая комната в больнице, где нас одевали в больничный халат и давали лишь воду и хлеб, но товарищи через окно подавали пирожков мне, как жертве, пострадавшей за общественные интересы». Можно сказать, что все закончилось благополучно. Но это не так. Испытания продолжились.