полк 100-й стрелковой дивизии УВО. До августа проходил курс обучения в полковой школе, затем служил там же командиром отделения и старшиной школы. В октябре 1929 г. командирован на учебу в Киевскую объединенную военную школу (бывшее 2-е артиллерийское училище), после ее окончания вернулся в полк на должность командира взвода. С 1931 по май 1932 г. врид комиссара учебного центра 8-го стрелкового корпуса. С мая по октябрь 1932 г. находился на курсах командиров рот – единоначальников при Объединенной военной школе им. ВЦИК в Москве, затем проходил службу в Школе червонных старшин в г. Харьков в должностях командира взвода и роты курсантов, с мая 1935 г. – начальника строевого отдела школы. В октябре 1938 г. он был переведен в Киевское пехотное училище им. Рабочих Красного Замоскворечья, где занимал должности командира батальона курсантов, пом. начальника училища по материально-техническому обеспечению. В начале Великой Отечественной войны майор Я. Д. Филоненко в той же должности. В составе курсантской бригады принимал участие в боях на Юго-Западном фронте, в Киевской оборонительной операции. Осенью 1941 г. училище было передислоцировано в тыл, а майор Я. Д. Филоненко с ноября – врид начальника училища. В апреле 1942 г. он был назначен начальником 5-го отделения штаба 112-й стрелковой дивизии 1-й резервной армии, в июне вступил в должность зам. командира дивизии по тылу. В конце июля дивизия убыла под Сталинград, где вела тяжелые оборонительные бои с превосходящими силами противника в излучине Дона, прикрывая отход войск 64-й, затем 62-й армий. С 11 августа по 20 октября 1942 г. дивизия в составе 62-й армии Сталинградского, затем Юго-Восточного фронтов вела бои на ближних подступах к Сталинграду и в самом городе – за Мамаев курган, Сталинградский тракторный завод, пос. Красный Октябрь, Баррикады, на улицах города. В этих боях она понесла значительные потери. Решением Ставки ВГК от 20 октября 1942 г. дивизия была выведена из состава Сталинградского фронта. Оставшийся личный состав передан на укомплектование 149-й стрелковой бригады, а штаб дивизии и штабы частей (за исключением 524-го стрелкового полка) были отведены на левый берег Волги в район хут. Рыбачий. Затем управления дивизии и частей были передислоцированы в Саратовскую обл. в район г. Аткарск на переформирование. В этих условиях в середине ноября Я. Д. Филоненко временно вступил в должность командира дивизии (вместо отстраненного от командования полковника И. Е. Ермолкина). После завершения формирования дивизии и прибытия нового командира с 13 января 1943 г. Я. Д. Филоненко вновь вступил в должность зам. командира дивизии по тылу и оставался в ней до конца войны. С июля 1943 г. дивизия в составе 60-й армии Центрального фронта участвовала в Курской битве, освобождении Левобережной Украины, битве за Днепр, Черниговско-Припятской наступательной, Киевских наступательной и оборонительной операциях. С января 1944 г. в составе 13-й армии 1-го Украинского фронта она принимала участие в Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой, Львовско-Сандомирской наступательных операциях. За отличия в этих боях дивизия была награждена
