По всей вероятности, два египетских государства в течение многих веков процветали рядом друг с другом, часто сталкиваясь в вооруженных конфликтах. Наконец Северное царство утвердило свое господство над южным соседом, и они объединились в одно государство. Гелиополь (библейский Он), «город солнца», находившийся в окрестностях современного Каира, являлся религиозной, а возможно, и политической столицей объединенного Египетского царства.
Как долго продолжалось это политическое единство, установить невозможно. В любом случае спустя некоторое время Южное царство опять обрело свою независимость, и два политических объединения, соответствующие двум землям древнейшего периода, возникли снова. Однако это новое политическое развитие сопровождалось выбором новой столицы в каждом из двух государств. Резиденцией северного царя стала «двойная» столица Пе и Деп (Буто), тогда как соответствующую роль в Верхнем Египте играли Нехен и Нехеб, расположенные на противоположных берегах Нила в районе современного города Эль-Каба. Между двумя землями вновь начались войны. Они увенчались победой Юга и долговременным объединением Верхнего и Нижнего Египта.
Возможно, создателем нового объединенного царства был Менес, ибо его имя стоит в начале традиционного списка египетских правителей. Именно с него начинается настоящая история Египта. Он также является первым правителем, о котором сами египтяне располагали определенными сведениями. Например, согласно им, Менес считался создателем «Белой Стены» – города, позднее известного как Мемфис. О древнейших правителях двух государств помнили мало. Египтяне думали, что это были сверхъестественные существа или духи, занимавшие промежуточное место между людьми и богами. В древних столицах их душам поклонялись как полубогам: в Буто они приняли форму соколов, а в Нехебе их изображали в виде шакалов.
Материальная культура этого раннего периода обладала чертами, характерными для позднего каменного века (неолита). На окраине дельты, где начинается пустыня, были обнаружены несколько нижнеегипетских поселений (например, Меримда, Бени-Салами, Омари), где процветала культура позднего каменного века. Там жили земледельцы, имевшие огромное количество керамики, но не знавшие меди. В Верхнем Египте от того времени