одновременно в этот же период учился в вечерней Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. Приказом НКО от 5.5.1939 ему было присвоено воинское звание «полковник», а в июле он вступил во временное исполнение должности начальника Центральной школы связи РККА. С октября исполнял должность пом. начальника школы по учебно-строевой части. Во время Советско-финляндской войны 1939-1940 гг. он был откомандирован на Северо-Западный фронт, где воевал в 8-й и 15-й армиях пом. начальника связи армии по спецслужбе. После окончания боевых действий с апреля 1940 г. был начальником КУКС связи в Москве. С началом Великой Отечественной войны в июле 1941 г. назначен начальником 1-го (оперативного) отделения штаба 132-й стрелковой дивизии ХВО в г. Полтава. 10 июля она убыла на фронт в район ст. Чаусы и, войдя в состав 13-й армии Западного фронта, приняла первый бой на левом берегу Днепра у населенного пункта Новобыхово, в дальнейшем участвовала в Смоленском сражении. В ходе ожесточенных оборонительных боев северо-западнее ст. Чаусы ей удалось на несколько дней задержать наступление немецких войск. Однако гитлеровцы обошли части дивизии и окружили их. Прорвав кольцо окружения, дивизия заняла новый рубеж обороны. В августе полковник А. А. Мищенко вступил в должность начальника штаба этой же дивизии. В начале сентября она в составе той же армии была подчинена вновь сформированному Брянскому фронту и участвовала в Орловско-Брянской оборонительной операции. После выхода из окружения с 28 октября 1941 г. вступил в командование этой же 132-й стрелковой дивизией. Она заняла оборону на северной окраине г. Курск, затем на р. Тим в районе Евланово. В середине ноября дивизия совершила марш в район г. Елец и вела бои с противником, наступавшим на Ефремов. С 10 декабря 1941 г. принимала участие в Елецкой наступательной операции. После освобождения города она перешла к обороне в районе дер. Дросково. С 21 февраля 1942 г. полковник А. А. Мищенко переведен на должность командира 148-й стрелковой дивизии. Принял ее в период упорных боев с перешедшим в наступление противником на р. фошня. К 3 марта враг был остановлен, а затем отброшен на исходные позиции. С июня 1942 г. дивизия в составе той же 13-й армии Брянского фронта участвовала в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции. С января 1943 г. ее части успешно действовали в Воронежско-Касторненской наступательной операции и наступлении на малоархангельском направлении. В конце февраля дивизия перешла к обороне на рубеже Кривцово, Тросно (с 13 марта – в составе войск Центрального фронта). Приказом по войскам Центрального фронта от 25.4.1943 за эти бои командир дивизии генерал-майор А. А. Мищенко был награжден орденом Красной Звезды. С 5 июля дивизия в составе армии участвовала в Курской битве, в оборонительных боях на орловско-курском направлении, Орловской и Черниговско-Припятской наступательных операциях. За преодоление обороны немцев на западном берегу р. Десна и овладение г. Чернигов приказом ВГК от 21.9.1943 ей было присвоено наименование «Черниговская». Продолжая наступление, части дивизии 25 сентября форсировали р. Днепр, а 30 сентября – р. Припять и вели затем
