Тем временем Феодор отправил к Палеологу письмо, уверяя, что произошло недоразумение, и предложил ему вернуться. Михаил возвратился и получил сан великого коноставла (регента).
Однако его во второй раз принудили принести клятвы, что он останется верен императору, никогда не выйдет из границ повиновения и не станет домогаться верховной власти. Михаил всё послушно обещал, но через короткое время был схвачен, закован в кандалы и брошен в темницу по обвинению в колдовстве.
Вскоре Феодор разобрал его дело, не нашёл никакой вины и вернул ему свои милости. Так Михаил Палеолог трижды избежал страшной опасности.
В 1258 году Феодор II умер. После него остались три дочери и малолетний сын Иоанн IV, которому шёл только девятый год. Регентами при нём были назначены протовестарий Георгий Музалон и патриарх Арсений. Верховную власть над империей до совершеннолетия Иоанна исполнял Музалон.
Но уже через три дня после похорон во время панихиды в Сосандрском монастыре заговорщики убили регента и двух его братьев, после чего было решено передать попечение об императоре Михаилу Палеологу как великому коноставлю.
Михаил отличался приятной наружностью, весёлым нравом, а также великой щедростью, поэтому хорошо умел расположить в свою пользу любого человека. Очаровав всех, он стал постепенно прибирать к рукам верховную власть.
Вскоре члены совета попросили императора пожаловать Палеологу титул великого дукса с правом заботиться об общественных делах. Эта должность позволяла ему иметь доступ к императорской казне, и с этого времени многих лиц благородного происхождения под благовидными предлогами Михаил вознаграждал царскими деньгами, но для себя демонстративно абсолютно ничего не брал.
Расположенные его угодливостью и подарками, патриарх, его архиереи и госчиновники решили, что отныне Палеолог будет именоваться деспотом и отцом императора. Он принял и то и другое и с той поры мог уже без сомнения и смело раздавать дары и привлекать нужных людей на свою сторону.
Своего брата он сделал великим доместиком, расставил своих людей на все важные посты, а тех, кто был ему опасен, под разными предлогами удалил из столицы. Наконец, подкупив и обольстив всех, он стал домогаться императорской власти.
В это время началась война с эпирским деспотом Михаилом и его союзниками. В сражении у Пеларгонии брат Михаила, великий доместик Иоанн, наголову разбил врагов и захватил в плен князя Ахайи. Дабы получить свободу, с него потребовали передать ромеям несколько важных крепостей на Пелопоннесе.
Эта победа побудила некоторых вельмож, знатных родом и личными заслугами, посадить Михаила Палеолога на щит и провозгласить императором.
Патриарх Арсений, проживавший тогда в Никее, был поражен этой вестью. В страхе за малолетнего Иоанна он хотел подвергнуть отлучению как провозглашённого императора,