Конфликт с частью профессуры, подпавшей под влияние Запада, произошел в связи со специальными задачами, стоявшими перед Санкт-Петербургской Духовной академией. Эти специальные задачи вытекали из исторических и географических условий.
Так, Казанской Духовной академии вменялась в обязанность защита от ислама, буддизма и прочих восточных религий, с которыми Россия соприкасалась на восточных границах Империи.
Киевской Духовной академии ставилась задача защиты от католицизма и униатства.
Московская Духовная академия должна была разрабатывать вопросы преодоления старообрядческого раскола в Российской Православной Церкви и защиты от сектантства.
И наконец, на долю Санкт-Петербургской Духовной академии приходилась самая трудная задача: стоять на страже и защите Святого Православия от проникновения с Запада тлетворных идей: либерализма, протестантизма, материализма, атеизма, всякого антихристианства и масонства.
Преосвященный Феофан в период своего ректорства в Санкт-Петербургской Духовной академии, несмотря на все протесты части профессуры, заявляемые во имя антихристовой «свободы», исповеднически исполнял свой священный долг.
Позже владыка Феофан рассказывал о болезненном конфликте, произошедшем у него с одним из профессоров, пожелавшим свободы от ига Христова. Тот начал жить грешным сожительством с женою своего коллеги на виду у всей академии. Начальствующие лица академии старались этого не замечать, не желая обострять отношения со знаменитым профессором. Но когда инспектором стал будущий Владыка, то сразу всем стала известной яркая черта его душевного устройства: исповедническое служение правде Божией, несмотря ни на какие личные невыгоды. Владыка Феофан внес предложение в академический Совет, чтобы тот профессор поступил по закону, согласно требованиям законоположений Православной Церкви:
– Совершенно недопустимо, чтобы профессор Духовной академии жил не венчано и к тому же с чужой женою. Ведь Санкт-Петербургская Духовная академия – высокое