Именно в этот период за ним, пожалуй, и закрепилась репутация неподкупного руководителя с железной хваткой.
Когда произошла маленькая революция в футболе начала нового века и появилась премьер-лига, которая фактически отодвинула ПФЛ от элиты российского футбола, Толстых не пропал с горизонта. Ему на откуп оставили неблагодарную работу по проведению чемпионатов первого и второго дивизионов. Другой бы встал в позу, но Толстых остался верен себе, стремясь, насколько это было возможно в российских реалиях, работать профессионально и бескомпромиссно.
Он был едва ли не единственным из высокопоставленных футбольных функционеров, рискнувших открыто заявить о несвоевременности перевода российского чемпионата на систему «осень – весна». По инициативе Толстых клубы ПФЛ обратились с открытым письмом к Владимиру Путину, предупреждая о возможных негативных последствиях этой реформы для команд из глубинки.
Голоса провинциальных клубов услышаны не были, а самому Толстых эта инициатива стоила дорого. Возглавляемый Фурсенко РФС досрочно прекратил договор с ПФЛ, найдя юридические заковыки при регистрации лиги. При этом даже возможности устранить их Толстых не дали. Просто убрали неудобного человека. Убрали грубо и даже не пытаясь облечь это в сколько-нибудь благовидную форму.
Фурсенко сделал то, что не могли позволить себе всесильные когда-то Вячеслав Колосков и Виталий Мутко. И тому и другому Толстых бросал перчатку. Но бросившего вызов и проигравшего им Толстых оба не пинали и не сбрасывали с корабля современности, а обязательно оставляли в обойме. Потому что понимали, что это настоящая находка: профессионал, охотно соглашающийся выполнять черновую, незаметную, а самое главное – очень неблагодарную работу. Ехать в далёкую провинцию и решать проблемы с полем или разбираться с финансовыми проступками коллективов из низших дивизионов куда менее приятно и престижно, чем выбирать нового главного тренера сборной России, определять параметры трансферной политики или давать комментарии о лидерах российского чемпионата.
Впрочем, в наследство Николаю Толстых достаются не только