Батько його, людина добра, чесна і працьовита, але запальна і нестримна, «з вічними фантазіями, які ніколи не здійснялися», не міг терпіти утисків і несправедливостей від начальства, тому доводилося йому часто змінювати місце постійної роботи, а інколи й зовсім залишатися без місця або працювати за мізерну плату. Разом із ним переїздила по селах, містах та містечках Поділля й родина.
Мати письменника – Гликерія Максимівна (дівоче прізвище – Абаза), 1837 року народження, 1863 р., всупереч волі батьків, вийшла заміж за вдівця Михайла Матвійовича Коцюбинського, який уже мав двох дітей від першого шлюбу. Це була жінка добра, любляча, «поглядів поступливих», зі складною, тонкою й глибокою душею. Їй було властиве розуміння літератури та мистецтва. Вже солідним чоловіком Михайло Коцюбинський у своїх автобіографічних листах згадував так про матір: «Мати з більш сталим, ніж у батька, характером, з складною, тонкою і глибокою душевною організацією, добра, незвичайно любляча, здатна на самопожертву, особливо для мене, якого дуже любить. Має добрий смак, благородні погляди, любить літературу і штуку, поглядів поступових. Я ріс під впливом матері, до якої завжди був ближчим, ніж до батька. Всі кажуть, що ми подібні не тільки з обличчя, але й характером і уподобаннями».
Михайло Коцюбинський, або, як його пестливо називала мати, Муся, був першою спільною дитиною молодого подружжя. Потім у Михайла Матвійовича та Гликерії Максимівни народилося ще четверо дітей: Лідія (1868 р. н.), Хома (1870 р. н.), Леонід (1872 р. н.), Ольга (1877 р. н.).
Дитинство майбутнього письменника до 7 років минало у Вінниці, у теплому і дружньому сімейному оточенні. «Дитячий вік мій (до 7 літ) пройшов у Вінниці, а відтак довелося жити то на селі, то знов у місті, все на тім же багатім природою, теплім, прекраснім Поділлі», – згадував М. Коцюбинський. Нянькою у малого була сільська жінка Хима, від неї він чув українське слово і народну казку. Мати ж Михайлика віддавала йому всю материнську любов, практично не приділяючи уваги своїм пасинкам. Хлопчик же, навпаки, тягнувся до нерідних сестер, спілкувався з ними. «Михайлик, ця чиста, виплекана дитина, ніколи не відсторонювався від своїх нерідних сестер… Ввечері він читав їм наголос одержану з бібліотеки книжку, грався з ними, чи вів мирну розмову, всім своїм поводженням намагаючись загладити провинність своєї матері перед сиротами», – згадував родич Коцюбинських і вчитель Шаргородської бурси В. О. Ковердинський. Завдяки своїй доброті й чулості Муся був улюбленцем усієї сім’ї і ріс в атмосфері теплих, сердечних стосунків».
Саме під впливом матері та народних пісень у хлопчика рано розвинувся інтерес до літературної творчості. Брат письменника згадує, що Михайло часто ходив на ярмарок слухати сліпих лірників. Окрім того, один із тих лірників, дід Купріян, деякий час жив у родині Коцюбинських.
Розповіді діда про бідування, а також тужливі народні пісні про тяжке селянське життя справляли неабияке враження на світосприйняття хлопчика. М. Коцюбинський згадує, що вже у 8—9 років він і сам почав складати пісні за взірцем народних, а в 12 років написав велику повість (російською мовою) з фінського життя.
До свят у родині мали звичай мазати хату: підводили червоною та синьою глиною долівку, вимальовували півників на комині. Свята оформляли з простотою і традиційністю, властивою старосвітським дворянам.
На Святвечір стіл у їдальні застеляли запашним сіном, вкривали його чистою скатертиною. Посередині клали паляницю, сідали вечеряти, тільки-но на небі сходила перша зірка. Їли юшку з солоної риби, кутю з пшениці та узвар із фігами.
На Різдво співали колядок. У новорічне свято посівали в хаті пшеницею, щоб хліб родив, щоб заможно жилось, а на Масницю робили колодки з подарунками і на стрічках чіпляли їх знайомим парубкам на плече, за що обов’язково сплачувався викуп цукерками або горіхами.
У сім’ї повсякденною мовою спілкування була російська, але одного разу в дитинстві, коли малий Михайлик захворів, під час марення він раптом заговорив українською, здивувавши цим усіх домашніх. Коли після одужання хлопчику розповіли про це, він ще більше зацікавився українським словом.
1872 року, внаслідок проведення судової реформи Олександра ІІ[2], у Вінниці ліквідували повітовий суд, де працював секретарем Михайлів батько. Родина змушена була переїхати до села Радівців Літинського повіту, де Михайло Матвійович улаштувався працювати волосним писарем.
1874 року родина Коцюбинських знову змінює місце проживання: Михайла Матвійовича призначено поліційним наглядачем у місто Бар на Вінниччині. Оселилися Коцюбинські в Барі поблизу міського саду й руїн колишньої фортеці в півтораповерховому будинку купців Штоків. У цій великій, найкращій тоді в Барі, оселі родина Коцюбинських займала нагорі шість кімнат, кухню й коридор.
Малого Михайла (тоді батьки мали непогані статки)