Во время монгольского нашествия на Русь и последующих ордынских походов Новгород, хоть и платил монголам дань, но избежал разорения благодаря своему удаленному расположению. Впрочем, юго-восточные города новгородских владений (Торжок, Волок, Вологда, Бежецк) были разграблены и опустошены ордынцами. В 1238 году, во время княжения Александра Невского, татары дошли до места, называемого Крестцы (80 км от Новгорода). Перед этим они долго штурмовали Торжок, захватили его и сожгли, но при этом потеряли очень много своих воинов. Затем долгое время стояли у Крестцов под Новгородом, но на сам Новгород не пошли. Почему? Это загадка до сих пор. То ли побоялись, то ли новгородцы откупились.
В 1236–1240 и 1241–1252 годах в Новгороде княжил Александр Невский. Он не владел городом как своим уделом и даже не являлся наместником своего отца, бывшего на ту пору великим князем владимирским. Просто новгородцы, под угрозой сначала шведского, а затем немецкого вторжения, на вече приняли решение пригласить талантливого полководца с дружиной для «оказания оборонительных услуг». С этим Александр Ярославич с блеском справился.
Едва ли тогда кто-то из граждан республики думал, что именно Александр Невский, приняв в Каракоруме ярлык на великое княжение владимирское, в 1259 году принудит Новгород стать данником Орды.
С той поры до 1478 года новгородский стол занимали, хотя и не имея полной власти над городом, преимущественно суздальские и владимирские князья. Затем стали сюда приходить московские великие князья, изредка – князья литовские.
До XV века владения Новгорода расширялись на восток и северо-восток. Республика приобрела земли вокруг Онежского озера, вдоль реки Северной Двины и побережье Белого моря. Также исследовались Баренцево и Карское моря, запад Северного Урала. Районы к северо-востоку от Новгорода были богаты пушным зверем и солью.
В 1348 году по Болотовскому договору Новгород предоставляет Пскову автономию по части выбора посадников. После Псков признает московского великого князя своим безусловным главой и соглашается избирать на псковское княжение лиц, угодных великому князю. С 1399 года эти псковские князья так и называются – московскими наместниками. Московский князь Василий II добивается права назначать наместников во Псков по своему усмотрению. А при Иване III псковичи даже вынуждены отказаться от прежнего права смещать за большие вины перед городом назначенных к ним из Москвы начальников. С 1510 года Псков фактически становится вотчиной великого князя Василия III с посадником-наместником от московского князя.
После первого похода на Новгород (1471) Иван III принудил новгородцев «ставить архиепископа