Не было претензий к Романовым и у новоизбранного царя Бориса. Мало того, в сентябре 1598 г. царь Борис пожаловал боярство Александру Никитичу Романову, а также романовской родне Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому и князю Василию Казы Кардануковичу Черкасскому. Формально Романовым не на что было жаловаться, и мирное сосуществование Романовых и Годуновых длилось до 1600 г.
В конце 1599 г. – начале 1600 г. Борис Годунов тяжело заболел. К осени 1600 г. состояние здоровья царя настолько ухудшилось, что он не мог принимать иностранных послов и даже самостоятельно передвигаться – в церковь его носили на носилках.
Братья Романовы решили, что настал их час, и начали подготовку к перевороту. Из многочисленных романовских вотчин в Москву стали прибывать дворяне и боевые холопы. Несколько сот вооруженных людей сосредоточилось на Варварке в усадьбе Федора Никитича. Среди них был и молодой дворянин Юрий Богданович Отрепьев.
Однако спецслужба Бориса не дремала. По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 г. несколько сот стрельцов начали штурм усадьбы на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия.
Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать – Рюриковичи и Гедиминовичи – ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в думе Романовы не нашли.
Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами, и лишь в единичных случаях плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко.
Обвиненные находились под стражей до 30 июня 1601 г., когда Боярская дума вынесла приговор. Федора Никитича Романова постригли в монахи под именем Филарета и послали в Антониев-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфы и сослали в заонежский погост Толвуй. Ее мать, Марию Ивановну, сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича – в Пермь, Ивана Никитича – в Пелым, Василия Никитича – в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их теткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского – на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого – в Кожеозерский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.
Итак, из-за «кореньев» десятки представителей знатных родов были отправлены в монастыри и в ссылку. Понятно, что коренья или наговоры доносчиков