Даже сторонний наблюдатель, каковым, правда, являлся весьма информированный работник ЦК КПСС, отмечал, что «Хрущев низвел КГБ до уровня обычного министерства, его председатель А.Н. Шелепин не был даже кандидатом в члены Президиума ЦК, нередко выслушивал упреки «старших товарищей» по партии, которые он не мог профессионально грамотно парировать».
Как отмечали известные исследователи истории органов госбезопасности СССР А.И. Кокурин и Н.В. Петров, выполняя указания Хрущева, Шелепин провел серию кардинальных преобразований в КГБ в плане упрощения его структуры и сокращения численности сотрудников. Если при Серове у Председателя КГБ при СМ СССР было 6 заместителей, то летом 1959 г. в русле начатой Шелепиным «перестройки» он сократил их число до трех, произведя и кадровые замены.
Первым заместителем Председателя КГБ остался опытный чекист П.И. Ивашутин, двумя другими – стали председатель КГБ Белоруссии А.И. Перепелицын и заместитель заведующего Административным отделом ЦК КПСС B.C. Тикунов, ранее не имевший отношения к работе в правоохранительных органах. (B.C. Тикунов в июле 1961 г. был назначен министром внутренних дел РСФСР.)
А.И. Перепелицын также был недостаточно опытным профессионалом, начав свою «чекистскую» карьеру в апреле 1954 г. сразу с должности заместителя Председателя КГБ при СМ Белорусской ССР.
Таким образом, основное повседневное руководство деятельностью оперативных подразделений КГБ объективно ложилось на П.И. Ивашутина.
Столь кардинальная замена руководства в ведомстве, вступившем в полосу очередного «реформирования», при замене опытных профессионалов недостаточно компетентными «варягами», вряд ли может считаться оптимальным решением.
А уже в апреле 1959 г. новый Председатель КГБ А.Н. Шелепин вновь предложил сократить штат оперативных работников в центре и на местах еще на 3200 единиц, а штат рабочих и служащих – на 8500 человек.
Нельзя также не отметить, что подобная затянувшаяся кампания «чисток» и сокращений не лучшим образом сказывалась как на результатах оперативно-следственной работы органов КГБ, так и на состоянии морально-психологического климата в чекистских коллективах, порождая у сотрудников чувства неуверенности, недооценки важности и нужности, общественно-политической значимости их работы по обеспечению безопасности государства и его граждан.
А.Н. Шелепин, писал о нем бывший заместитель начальника ПГУ КГБ В.А. Кирпиченко, по общему впечатлению сотрудников КГБ, чувствовал себя на посту председателя человеком временным и не пустил глубоких корней в Комитете, а его преемник В.Е. Семичастный еще далеко не сформировался как государственный деятель, в нем было больше комсомольского задора, чем политической мудрости.
На время нахождения Шелепина на посту Председателя КГБ СССР приходится побег 12 августа 1961 г., буквально