Путин покинул ГДР в январе 1990 года через два месяца после крушения Берлинской стены. Нельзя сказать, что уезжал он в спокойной обстановке. Еще 29 марта 1989 года начальник дрезденского окружного управления МГБ Хорст Бем подал непосредственному начальнику Путина генералу Широкову рапорт, в котором обвинил его подчиненных в попытках завербовать офицеров вооруженных сил ГДР. Очевидно, руководители к этому времени уже располагали определенной информацией о чрезмерной активности группы «Луч» и разгневанный Хонеккер поручил Бему собрать доказательства «подрывной деятельности» Модрова, пообещав ему взамен пост министра государственной безопасности. По данным немецкого историка Ганса-Йоахима Хоппе, Бем даже должен был отдать приказ арестовать Путина по обвинению в «получении сведений, составляющих военную тайну ГДР». После демократической революции Бем покончил с собой.
Однако вполне возможно, что в Центре были недовольны результатом работы группы «Луч», не сумевшей справиться с поставленной перед ней задачей. Ее члены не смогли правильно оценить расстановку политических сил в Восточной Германии и степень революционной активности значительной части населения. Массовые демонстрации в Лейпциге и Дрездене стали для них полной неожиданностью. Руководство советской разведки в ГДР было твердо уверено в том, что полностью контролирует ситуацию в стране, хотя уже за несколько месяцев до ноябрьских событий это было не так. В результате о падении Берлинской стены в штаб-квартире представительства КГБ в Карлсхорсте узнали не от офицера связи в Министерстве государственной безопасности, а из информационных выпусков западногерманского телевидения.
После падения Стены несколько правозащитников призвали к захвату архивов «Штази». Путин, наверное, никогда не забудет б декабря 1989 года, когда разъяренная толпа едва не ворвалась в дом № 4 на Ангелика-штрассе, где размещалось дрезденское отделение КГБ. Он позвонил в штаб Западной Группы войск в Восточном Берлине и попросил помощи, но услышал в ответ, что из Москвы не поступало никаких распоряжений. Тогда офицеры КГБ приготовились отразить штурм с оружием в руках. Тридцатисемилетний подполковник Путин лично вышел к агрессивно настроенной толпе, выдал себя за переводчика и предложил всем отойти от места расположения советской воинской части. «Я солдат и готов погибнуть!» – крикнул он возмущенным правозащитникам.
Позднее Путин рассказал журналистке Наталье Геворкян, что именно в тот момент он понял: СССР больше нет. Москва молчала, и никто не пришел к ним на помощь. Путин затопил печь и несколько дней бросал в огонь плоды своей пятилетней разведывательной деятельности