В начале апреля, нарушив мирное соглашение, японские войска напали на партизанские отряды и гарнизоны красных войск во Владивостоке, Хабаровске, Спасске и других городах Приморья. Во время одного из этих боев Фадеев был ранен. Он наверняка бы погиб, если бы не его товарищ С. Пищелка, который, рискуя жизнью, по пояс в ледяной воде, вынес тяжело раненного Фадеева из японского окружения. Выздоравливал Фадеев уже в городе Имане.
В мае 1920 года Фадеев принял активное участие в эвакуации военного имущества, вооружения и боеприпасов из Приморья в Амурскую область. На пароходике «Пролетарий» с прицепленной баржей он проделал шесть рейсов по реке Уссури. Позднее он так опишет это время: «Рейсы по Уссури в 1920 году – одно из самых счастливых воспоминаний моей юности. Мне было 18 лет. Я поправлялся после ранения, полученного мною под Спасском, еще хромал, но уже было ясно, что все будет хорошо. Все время стояла ясная солнечная погода, мы много ловили рыбы неводом, и я – по немощности – бывал за повара. В жизни не едал такой жирной налимьей и сомовой ухи. Постоянное напряжение, опасности, наши, иногда кровопролитные, схватки с дезертирами из армии, не раз пытавшимися овладеть пароходом, чтобы удрать за Амур, – все это только бодрило душу».
Осенью того же года по путевке подпольного Владивостокского комитета партии Фадеев был направлен в Благовещенск для организации комсомола по линии Амурской железной дороги. Однако уже через месяц он вновь попал на фронт – в составе бригады, которой командовал его двоюродный брат Игорь Сибирцев; Фадеев воевал против атамана Семенова. Тогда же Фадеев некоторое время пробыл на посту комиссара 8-й Амурской отдельной стрелковой бригады и был избран на конференцию военкомов, политработников и коммунистов, которая состоялась в начале февраля 1921 года в Чите. На этой конференции Фадеева избрали делегатом на X Всероссийский съезд РКП(б).
Съезд открылся 8 марта, а накануне его открытия вспыхнул мятеж в Кронштадте. На его подавление была брошена 7-я армия под командованием М. Тухачевского, а вскоре к ней присоединилась и часть делегатов съезда. Во время этих боев Фадеев едва не погиб. Он получил тяжелое ранение и долго пролежал без всякой помощи на льду Финского залива, потеряв много крови. Но врачам в госпитале, куда его затем доставили, удалось спасти ему жизнь. (Стоит отметить, что участие Фадеева в этой военной операции будет отмечено орденом боевого Красного Знамени.)
В госпитале Фадеев пролежал несколько месяцев. Но времени даром не терял – прочитал гору всяких книг, начиная от произведений утопических социалистов и заканчивая Лениным и Блоком. Там же Фадеев влюбился в одну из медсестер, и хотя его чувство так и осталось неразделенным, в сердце будущего писателя оно оставило след на всю жизнь. Время, проведенное в госпитале, он всегда будет вспоминать как один из самых прекрасных периодов своей жизни.
После