Как и все деятели ельцинского периода, Н. Аксененко рассматривал вверенное ему ведомство как свою семейную вотчину. Для своего сына он создал частную фирму «Трансрейл», которая взяла под свой контроль все перевозки иностранных грузов по российским железным дорогам и, естественно, все доходы от них. При министерстве были созданы б фондов, в которые в обязательном порядке должны были «добровольно» вносить крупные суммы все начальники дорог. За счет государственных средств возводились элитные дома для руководящего состава, выдавались крупные премии и пр. При нем МПС получило саркастическое название «Министерство путей расхищения». Когда по инициативе В. Путина Счетная палата проверила состояние финансов МПС, то выяснилось, что министерство недоплатило в государственный бюджет 11 млрд. рублей налогов. Тарифы на перевозку грузов увеличивались или уменьшались в зависимости от величины полученных взяток. Чтобы избавиться от такого нечистоплотного «соратника», В. Путину пришлось дать согласие на возбуждение уголовного дела по материалам проверки Счетной палаты. Н. Аксененко понимал, что материалов для его осуждения было более чем достаточно, поэтому всю свою недюжинную энергию приложил к тому, чтобы тихо выйти сухим из воды, что соответствовало и новому курсу Кремля. На его место был поставлен очень авторитетный среди железнодорожников Геннадий Фадеев, уже имевший опыт работы в качестве министра этой отрасли. Однако это было промежуточным решением, потому что в качестве его заместителя в РАО «РЖД» был внедрен Владимир Якунин, не имевший никакого отношения ранее к железным дорогам, но старый друг и товарищ В. Путина по Санкт-Петербургу. Через короткое время именно он и возглавил всю железнодорожную сеть страны со всеми ее доходами.
К моменту прихода В. Путина в Кремль подавляющее большинство нефтяных ресурсов страны уже находилось в руках частных компаний («Лукойл», «ЮКОС», «Сибнефть» и т. д.) Большие объемы нефтяного экспорта и быстро растущие цены на это сырье на мировом рынке превращали нефть в самый лакомый кусок собственности. Но сразу наложить лапу на уже приватизированную собственность оказалось непросто, хотя очень хотелось. Надо было провести основательную