Ученики Вернадского вспоминали, что ученый не отличался особым красноречием, зато лекции его были совершенно ясные и точные. Вернадский был высок, ходил стремительно, двигался легко (и легкость эту сохранил до самой старости). Современников поражал взгляд ученого – какой-то особенно лучистый. Уже в молодости создавалось впечатление, что Вернадский смотрит куда-то вдаль, видит то, чего не видят другие. Вот как вспоминает один из современников Владимира Ивановича: «Узкое, точеное лицо, высокий выпуклый лоб ученого, темные волосы с сединой, каскадами поднимавшиеся над ним, поражали и удивляли. Но и они были только фоном для глаз, необычайно чистых, ясных, глубоких, казалось, что в них светился весь облик, вся душа этого необыкновенного человека. Впечатление еще более усиливалось, когда Владимир Иванович начинал говорить. Его голос был такой же, как глаза, – спокойный, ясный, приятный и мягкий, глубоко уходящий в душу». Отмечали, что Вернадский был необычайно вежлив, в споре абсолютно спокоен, несколько застенчив и совершенно не тщеславен.
Постепенно вокруг ученого формировался круг соратников, ассистентов. Владимир Иванович искал людей увлеченных, с широким кругозором, преданных науке. Подолгу разговаривал с теми, кто хотел работать вместе с ним. Вернадского интересовало, почему этот человек решил прийти к нему, что ищет в науке, знает ли литературу, языки, историю – то, что касается общего образования и эрудиции.
В 1897 году Владимир Иванович защитил докторскую по теме «Явления скольжения кристаллического вещества». Он явно тяготился тем, что приходится выбирать для диссертации столь узкую тему, посвящать ей свое время. Вскоре ученый стал профессором. Через год у Владимира Ивановича и Натальи Егоровны рождается дочь Нина (она стала психиатром; как и брат, жила, работала и умерла в США).
В начале века Вернадский позволил себе, наконец, опубликовать первые статьи философского характера, работы об истории науки. Тогда же он опять активно включается в общественную жизнь, не остается в стороне от революционных событий. В 1906 году Вернадский избирается членом Государственного Совета от Московского университета. Там он выступает за либерализацию страны. Когда непокорная Дума была распущена, Вернадский был среди тех членов Совета, кто подписал протест против действий властей. Дома у ученого собираются члены политического либерального общества. И при этом Владимир Иванович продолжает активно заниматься наукой. (Хотя и спрашивает у своих помощников: «И как это раньше ученые совмещали науку с общественной деятельностью?») Вернадский становится экстраординарным академиком, с 1906 по 1918 год выходят части «Опыта описательной минералогии».
В 1911 году ученый покидает Московский университет в знак протеста против наступления на университетские свободы, переезжает в столицу,