Последующие 11 лет Карл правил единолично. Но в 1637 году началась война между Англией и Шотландией, и королю понадобились немалые средства. В апреле 1640 года Карл вынужден был вновь созвать парламент, чтобы утвердить дополнительные налоги. Однако парламент, защищая интересы буржуазии, не поддержал новый законопроект. К тому же парламентарии потребовали упразднить чрезвычайные королевские суды, введенные королем во время своего единоличного правления, а также наказать наиболее ненавистных чиновников. В ответ на это уже 5 мая Карл распустил и этот парламент, который вошел в историю под названием Короткого.
В сложившейся ситуации король явно переоценил свои силы. К осени стало ясно, что королевская власть в Англии находится в критическом состоянии – народ не подчинялся монарху. Поэтому в ноябре 1640 года Стюарт созвал новый парламент, получивший название Долгого (поскольку он просуществовал до 1653 года). Король был вынужден утвердить закон, по которому парламент можно было распустить только в соответствии с решением самого же парламента. Все институции королевской власти, в частности Звездная палата и Высокая комиссия, призванные вершить суд в государстве, были распущены. Таким образом абсолютная королевская власть была ограничена и монархия стала конституционной.
Карл I с этим смириться не мог. Он издал декларацию о защите короны от парламента и о формировании королевской армии. После неудачной попытки 4 января 1642 года арестовать пять наиболее влиятельных парламентариев по обвинению в государственной измене Карл вынужден был покинуть столицу. Он рассчитывал на поддержку провинций.
В стране установилось двоевластие. В июле 1642 года палата общин приняла постановление о создании собственной армии, а Карл I в августе того же года объявил парламенту войну. Это стало началом гражданской войны 1642–1646 годах. На стороне короля были отсталые в экономическом отношении северные и западные графства, а также англиканская церковь. За парламент ратовали экономически развитые юго-западные, а также отдельные промышленные и торговые районы центра и севера Англии.
Сначала преимущество было на стороне хорошо обученной королевской армии. Однако в 1645 году оппозиционеры создали постоянную армию с единым командованием и суровой дисциплиной. Во главе армии парламента встал талантливый политик и полководец Оливер Кромвель. Ему удалось создать военные формирования, которые заслужили славу лучших в Европе.
14 июня 1645 года в битве при Несби новая армия парламента разгромила королевские войска. Королю удалось бежать в Шотландию, но противник захватил не только артиллерию, боеприпасы и королевские знамена, но также и секретную переписку королевского кабинета, которая сыграла большую