Начало войны застало Алехина в Южной Америке, где он сыграл ряд показательных турниров. В январе 1940 года он вернулся в Европу, провел несколько месяцев в Португалии, а затем переехал во Францию. Он не мог остаться в стороне, когда на его родину (а Франция стала для Алехина второй родиной) напали гитлеровские войска. Лейтенант Александр Алехин пополнил ряды французской армии в качестве переводчика. К сожалению, Франция долго не продержалась. Алехин оказался на оккупированной немцами территории и, чтобы выжить, вынужден был пойти на сотрудничество с нацистами. Алехин играл с немецкими шахматистами, писал статьи на шахматные темы для выходящих в Париже фашистских газет. Его потом осуждали за это, а что он мог сделать, славянин на оккупированной территории, жена которого к тому же была еврейкой?
В 1941 году Алехин начал переговоры с Капабланкой о новом матче за звание чемпиона мира. После первого матча они стали врагами, но на этот раз великий кубинец пошел навстречу своему сопернику. Война полностью разорила Алехина, и, понимая это, Капабланка согласился на весьма скромные финансовые условия их встречи. Но этому матчу так и не суждено было состояться – в 1942 году Капабланка умер.
В 1943 году под предлогом участия в турнире Алехин перебрался в Испанию, а затем переехал в Португалию. После окончания войны в Европе возобновилась шахматная жизнь. Надеялся на лучшее и Алехин, ему прислали приглашения на турниры в Лондоне и Гастингсе, участие в которых позволило бы ему улучшить финансовое положение. Но неожиданно приглашения были аннулированы. Группа шахматистов во главе с Эйве выдвинула против Алехина обвинения в сотрудничестве с гитлеровцами и антисемитизме. Причиной этих обвинений стали статьи в фашистской газете «Паризер Цайтунг» якобы за подписью Алехина. Великий шахматист своего авторства не отрицал, но объяснял, что писал только о шахматах, а все антисемитские высказывания были добавлены немецкими редакторами. В конце концов большинство членов шахматного сообщества поверило Алехину, хотя это не изменило его бедственного положения.
В начале 1946 года возобновились переговоры о проведении матча за звание чемпиона мира между Алехиным и Михаилом Ботвинником. Алехин воспрял духом и даже бросил пить. Находясь в португальском городе Эшторил, он усиленно готовился к матчу и собирался «своей игрой удивить весь шахматный мир». Было получено одобрение советского руководства, а 23 марта 1946 года в Лондоне состоялось заседание Британской шахматной федерации (под эгидой которой должен был пройти матч), где вопрос о проведении встречи Алехин – Ботвинник также был решен положительно…
На следующий день, 24 марта 1946 года, Александр Алехин неожиданно умер. По официальной версии причиной смерти стали проблемы с сердечно-сосудистой системой (врачи уже давно говорили Александру Александровичу о плохом состоянии его сердца), но некоторые исследователи полагают, что Алехин был отравлен – якобы кому-то