Через год начались переговоры о проведении матча Алехина с Ботвинником, но этому помешала Вторая мировая война. В январе 1940 года шахматный король вернулся из Южной Америки в Европу. После нападения фашистской Германии на Францию Александр Александрович возвратился на свою вторую родину. Он добровольцем вступает во французскую армию в качестве лейтенанта-переводчика. Но война быстро закончилась, и большая часть Франции оказалась оккупированной. В этом же году Алехин начинает вести переговоры с Капабланкой о матче-реванше, который планируется провести на Кубе. Поединок не состоялся из-за отказа кубинского правительства в финансировании. А в 1942 году Капабланка неожиданно умер.
С момента оккупации фашистами Франции Алехин попал в зависимость от «новых властей». Его жену обещают не подвергать репрессиям при условии, что он будет участвовать в международных турнирах на оккупированных территориях. К тому же за ряд статей об истории шахмат ему обещали предоставить визу для выезда из Франции. К сожалению, шахматные статьи, написанные Алехиным, были тщательно переделаны австрийским мастером и антисемитом Т. Гербецом. Статьи вышли в таком виде, что Алехин говорил: «Напечатанное в "Паризер Цайтунг" потрясло и оскорбило меня больше всего не столько из-за содержания, сколько из-за полной невозможности очиститься от этой грязи». Лишь в октябре 1943 года Алехин под предлогом участия в турнире смог выехать в Испанию, где, чтобы прокормиться, дает частные уроки 13-летнему Артурито Помару. Для него чемпион мира написал специальный учебник «Курс шахмат для Артурито Помара», позднее опубликованный под названием «Завет!». Кроме этого, он написал одно из лучших произведений в мире шахматной литературы – книгу о лучших шахматных партиях во время Второй мировой войны. Ученик Алехина оказался талантливым шахматистом, позднее неоднократно побеждавшим в международных турнирах и ставшим чемпионом Испании. В Испании Алехин опять пристрастился к спиртному, в результате чего его здоровье было окончательно подорвано.
В Португалии, куда чемпиона мира пригласили на выступление, он оказался в тяжелейшем состоянии. Один из португальских шахматистов написал Грейс Висхар полное отчаяния и мольбы письмо: «Ваш муж находится в невыносимой ситуации: больной, без средств к существованию». Но время шло, а вестей от жены не было.
В марте 1946 года Александр Алехин получил вызов на матч от чемпиона СССР М. Ботвинника. Это были самые счастливые дни в его жизни. Португальский шахматист Люпи так вспоминал об этом дне: «Алехин почувствовал новый прилив энергии. Он даже выразил желание пойти куда-нибудь развлечься и там не переставал говорить о предстоящем матче с Ботвинником».