Дописав трактат об оливках и винограде, Локк до конца апреля 1680 г. занимался опытами в лаборатории Дэвида Томаса в Солсбери, затем вернулся в Оксфорд, после чего провел пару недель в поместье Джеймса Тиррела, жену которого он лечил от лихорадки, детей – от кори, а ребенка одного из слуг пытался спасти от смерти после укуса бешеной собаки.
Иногда Локка привлекали для выполнения разного рода заданий, все же имевших отношение к политике: в 1681 г. он участвовал (как известно, крайне неохотно и будучи больным) в организации сессии Оксфордского парламента, обеспечив Шефстбери и его окружению место для временного проживания в доме Уоллиса, а после ареста графа в какой-то момент побывал в Тауэре, куда его вызвали для медицинской консультации по поводу ухудшившегося состояния здоровья патрона, страдавшего в тюрьме лихорадкой.
Когда в сентябре 1683 г. Локк отправился в Нидерланды, его встретили там не как члена «семьи» Шефтсбери, а прежде всего как коллегу-врача, натурфилософа и преподавателя из Оксфорда, важного человека из окружения Роберта Бойля. Его обширные связи в мире политики имели значение лишь во вторую очередь, хотя поначалу свою роль играло и то, что Локк как бы представлял одновременно и верхушку англиканской церкви, будучи человеком Джона Фелла. Об истинном положении Локка стало известно лишь после того, как он был исключен из колледжа Крайст-Чёрч. Фелл попытался положить это распоряжение королевской канцелярии в долгий ящик, однако в конце концов должен был выполнить приказ короля. Таким образом, можно сделать вывод, что еще в 1684 г. Локк сохранял дружеские отношения с одним из главных идеологов так называемых тори-англикан. Можно даже предположить, что исключение Локка было предупреждением Феллу и его окружению, которые, вероятно, уже в то время начали игру против выходившего из англиканской орбиты католического дома Стюартов. Еще одним выводом может быть то, что появление Локка на континенте было вовсе не бегством, а служило некоей заранее спланированной миссии, возможно, как-то связанной с Бранденбургом. Но это всего лишь догадки. В начале 1685 г. умер Карл II, в 1686 г. скончался Фелл, до конца жизни сожалевший об исключении своего «студента», к которому он испытывал чувство глубокого уважения.
Доктор Петер Генелон, с которым Локк познакомился еще в Париже, представил его другим