С мая 1923 г. Мария Александровна стала политической ссыльной. Жила и работала в Самарканде, но политической деятельностью не занималась. Написала книгу о Нерчинской каторге, которая была напечатана в журнале «Каторга и ссылка» и вышла отдельным изданием. В это время Спиридонова вновь почувствовала себя молодой и энергичной – в ее жизни наконец-то проявилась любовь. Она «обрела друга любимого и мужа». Илья Андреевич Майоров, бывший член ЦК левых эсеров, автор закона о социализации земли, был тоже сослан. Они жили дружно и старались не замечать постоянной слежки. Спиридонова знала, что о каждом ее слове, о каждой встрече становится известно в ЧК.
Доносы скапливались. В сентябре вновь арест, обвинение в связи с заграничными левоэсеровскими группировками и ссылка – теперь уже в Уфу. Здесь Спиридонова работала старшим инспектором кредитно-планового отдела Башкирской конторы Госбанка, крутилась по хозяйству, чтобы обеспечить сносную жизнь мужу, его сыну и престарелому отцу. А еще ухитрялась рассылать скромные посылки бедствующим друзьям, в прошлом своим единомышленникам.
В страшном 1937 г. Спиридонова полной мерой оценила, что значит государственный террор против своего народа, о котором она предупреждала еще в 1918 г. Теперь ей инкриминировали подготовку покушения на К. Е. Ворошилова и всех членов правительства Башкирии, руководство несуществующей «Всесоюзной контрреволюционной организацией», вредительство, разработку террористических актов против руководителей государства, включая И. В. Сталина. По «делу» проходил 31 человек. Многие не выдерживали пыток и давали ложные показания. «Сломался» и муж Спиридоновой.
«Проявите гуманность и убейте сразу», – требовала измученная болезнями женщина. Но следователи продолжали изощренно издеваться, требуя признаний. Допросы продолжались по два-три дня без перерыва, сесть не позволяли. Ноги Спиридоновой превратились в черно-лиловые бревна. Обнаружив, что побои ее страшат меньше, чем личные досмотры, обыскивали по десять раз в день. Нашли самое уязвимое место – еще с первого ареста она с трудом переносила прикосновение чужих рук к телу. Но надзирательница тщательно ощупывала ее полностью.
13 ноября 1937 г., после 9-месячного заключения Спиридонова написала открытое письмо в секретный отдел НКВД (в машинописной копии более 100 листов). Писала не для того, чтобы «увернуться от обуха». Она попыталась с какой-то исповедальной искренностью объяснить, что «дело эсеров» – не что иное, как сфабрикованный «фарс на тему “Укрощения строптивой”», что страдают абсолютно невинные