Открывшийся 5 сентября 1774 года Конгресс принял решение о бойкоте английских товаров. В колониях стали готовиться к репрессиям. Председателем Комитета безопасности в Албемарле избрали Джефферсона. Комитет объявил о призыве добровольцев и приступил к формированию ополчения. Те, кому не хватало оружия, должны были взять в руки томагавки. Кроме того, Томас вошел в состав «Комитета пятнадцати», избранного палатой для разработки плана создания вооруженных сил в Виргинии.
Чуть позже Джефферсона включили в состав делегации на Второй континентальный конгресс. На этом историческом форуме одним из основных стоял вопрос о выработке документа, получившего впоследствии название Декларации независимости. В состав комиссии по ее составлению вошли Бенджамин Франклин, Джон Адамс, умеренные представители Пенсильвании и Нью-Йорка Дикинсон и Ливингстон и Томас Джефферсон. Томасу поручили самостоятельно составить текст. Всего за 17 дней ему удалось выполнить эту сложнейшую, не имеющую аналогов работу. 4 июля 1776 года исторический документ был принят с минимальными изменениями. По своей сути Декларация явилась политическим кредо ее автора. Впервые в человеческой истории было провозглашено, что народ является единственным вершителем своей судьбы, что власть правительства основана лишь на «согласии управляемых» и если народ решит, что власть угрожает их «безопасности и счастью», его «право на революцию не подлежит никакому сомнению».
Как только текст Декларации появился в прессе, на улицы Филадельфии высыпали люди. Перед зданием, где заседал Конгресс, собрались тысячи ликующих американцев. В городе звонили колокола. Народ праздновал рождение своего независимого государства. С тех пор в США 4 июля стало главным национальным праздником, в появлении которого решающую роль сыграл Томас Джефферсон.
1 июня 1779 года автор Декларации независимости был избран губернатором Виргинии и пробыл на этом посту до 1782 года. Его отказу баллотироваться в третий раз способствовали смерть жены и пошатнувшиеся хозяйственные дела. Политику больше импонировали мирные труды над «Заметками о Виргинии», которые он писал по просьбе секретаря французского посольства в Филадельфии. Книга стала одним из лучших трудов о Виргинии и до сих пор читается с неослабевающим интересом.
Но долго наслаждаться литературными трудами Джефферсону не пришлось. В конце 1782 года Конгресс решил направить его послом во Францию. 8 июня 1782 года Джефферсон отбыл к берегам французского королевства. 30 августа в селении Пасси он встретился с Франклином и прибывшим из Гааги Адамсом. Им надлежало выработать дипломатические основы сотрудничества с европейскими странами, условия заключения договоров с Англией, Гамбургом, Саксонией, Пруссией, Данией, Россией, Австрией, Венецией, Римом, Неаполем, Тосканой, Сардинией, Генуей, Испанией, Португалией, Оттоманской империей, Алжиром, Тунисом и Марокко. Кроме того, предстояло обновить