Сигналом к началу расправы послужил удар в колокол на колокольне церкви Сен-Жермен-Л’Оксерруа. По этому сигналу отряд, состоявший из приближенных Генриха Гиза и королевской охраны, двинулся к дому, в котором жил Колиньи. Руководил отрядом сам Гиз, вернувшийся в Париж. Отряд ворвался в дом. Колиньи был зарублен, а его уже бездыханное тело выброшено из окна. Затем ему отрубили голову. Есть сведения о том, что последними словами Колиньи были: «Гиз, проклятый убийца!» Расправившись с Колиньи, отряды Генриха Гиза и герцога Анжуйского двинулись дальше. Они врывались в дома, где остановились лидеры гугенотов, и осуществляли расправу. Часть гугенотов смогла выбраться из Парижа и бежать. За ними в погоню бросился Гиз, что уже совсем не походило на попытку предотвращения заговора. Истребили и гугенотов, находившихся в Лувре. В живых, правда, остались Генрих Наваррский и принц Конде, но свита была перебита, а их самих принудили перейти в католическую веру.
Ближе к утру происходящее превратилось в повальное избиение протестантов. К организованным отрядам присоединились толпы «добровольцев». Истреблялись все подозреваемые в приверженности к протестантству, их семьи, слуги, часто жертвы перед смертью подвергались жестоким истязаниям. Многие воспользовались «благоприятной» ситуацией для сведения личных счетов: для этого стоило только крикнуть толпе, что какой-либо твой недруг гугенот. Более того, достаточной причиной, для того чтобы тебя признали «гугенотом», было наличие денег. Толпы нищих парижан почувствовали наживу. Ведь убитых можно было ограбить. Вскоре в число «гугенотов» попали многие зажиточные парижане-католики.
Не отличалась толпа и повышенной деликатностью по отношению к трупам погибших. Их выбрасывали на улицы, сбрасывали в Сену, многие тела уже после смерти были изуродованы. Тело Колиньи толпа всю ночь таскала по городу, и к утру оно было изуродовано до неузнаваемости.
Между тем ситуация явно вышла из-под контроля. Из Лувра поступали распоряжения короля о прекращении резни, но остановить безумствующую толпу было невозможно. Варфоломеевская ночь на самом деле продлилась не один день. Еще шесть дней в Париже то и дело происходили убийства. Всего за несколько дней в городе, по разным подсчетам, было убито от 2 до 4 тысяч человек.
Несправедливым, однако,