Ряд государств, на территории которых, предположительно, и размещаются «черные точки», провели собственные независимые расследования и подключились к работе правозащитников. Так, правительство Германии смогло отследить 437 рейсов самолетов, которые, по всей вероятности, принадлежали ЦРУ и могли использоваться для транспортировки подозреваемых в террористической деятельности в секретные центры в Восточной Европе. Только два самолета из «вычисленных», принадлежавшие частным компаниям, но использовавшиеся ЦРУ, с 2002 по 2003 год пересекали воздушное пространство Германии или совершали посадку на аэродромах в Берлине, Франкфурте и американской авиабазе в Рамштайне более 200 раз! Авиадиспетчерская служба Германии по заданию партии левых составила список таких рейсов, после чего от Вашингтона затребовали подробный отчет. Министр иностранных дел Германии Франк-Вальтер Штайнмайер поднял этот вопрос и при личной встрече в Вашингтоне с госсекретарем США Кондолизой Райс. Тем временем СМИ начали собирать доказательства возможной деятельности ЦРУ на территории некоторых европейских стран. Так, сообщения о замеченных самолетах американского разведуправления были получены из Португалии и Финляндии.
Британские и американские журналисты тоже не остались в стороне от скандала. «Guardian» и «New York Times» опубликовали информацию о том, что с 2001 по 2005 год самолеты ЦРУ 300 раз приземлялись в разных точках Европы. По их данным, 437 раз самолеты разведуправления садились в Германии, 210 – в Великобритании, 67 – в Исландии, 34 – в Португалии, более 15 – в Италии и Испании, в Чехии – 15 и в Греции – 13. Что же касается правозащитной организации «Amnesty International», то ее сотрудники насчитали 800 секретных рейсов американских спецслужб через Европу. В докладе же «Amnesty International» приводятся данные о том, что было зарегистрировано около 1250 полетов (преимущественно в европейском воздушном пространстве) самолетов, которые, как предполагается, через подставные компании регулярно использует ЦРУ. Еще 600 полетов выполнили самолеты компаний, которые это управление использует время от времени. «Amnesty International» утверждает, что подобными рейсами американские спецслужбы, нарушая международные нормы, перевозят лиц, подозреваемых в терроризме.
Журналисты «Le Monde» подняли шум по поводу таких же остановок во Франции. Они убеждены: через территорию их страны проходил негласный «этап» иракских заключенных. Особые подозрения вызывают два рейса частных самолетов: в 2002 году, когда «Learjet», следовавший из Исландии в Турцию, ненадолго приземлился для дозаправки в