W r. 1581, „będąc oddalony od Francji, a jeszcze bardziej od takiej myśli”, Montaigne otrzymał wiadomość, która wyrwała go na czas niejaki z na wskroś prywatnego trybu życia. Wybrano go, jak niegdyś ojca, merem czyli burmistrzem miasta Bordeaux. Była to godność naówczas bardzo chlubna, nadawana jedynie dobrej szlachcie, bardziej zaszczytna niż uciążliwa. Obowiązki ograniczały się do reprezentacji i ewentualnie osobistej interwencji w sprawach większej wagi; administracja i tok spraw codziennych spoczywały na barkach ławników. Montaigne, który od dawna już rozstał się z ambicjami politycznymi (jeżeli je miał kiedy), waha się z przyjęciem; ale nadchodzi wiadomość, że sam król wpłynął na ten wybór i wyraził życzenie, równoznaczne z rozkazem, aby nowy burmistrz „objął bez zwłoki i wymówki” posterunek. Powraca tedy Montaigne, nie śpiesząc się zresztą zbytnio, do domu, a pierwsze jego pismo skierowane do radnych Bordeaux zawiera usprawiedliwienie nieobecności. Zresztą nowy burmistrz, przyjmując wybór, uprzedził wyborców, w jaki sposób pojmuje swoje obowiązki: chce je sumiennie wypełniać, ale nie ma zamiaru dać się im ze wszystkim pochłonąć; chce brać ich sprawy „do serca, ale nie do płuca i wątroby”; nie ma zamiaru iść za przykładem ojca, który na tym stanowisku nadwerężył zwątlone wiekiem zdrowie.
Godność mera nadawano na dwa lata, po czym mogło nastąpić przedłużenie jej na dalsze dwa: zaszczyt, który zdarzał się rzadko. Pierwsze dwa lata spłynęły bez szczególnych wydarzeń, wśród czynności czysto reprezentacyjnych. W r. 1583 wybrano Montaigne'a po raz wtóry; wówczas zaczął się kłopotliwy okres jego urzędowania. Sytuacja polityczna, poważna w całej Francji, w Bordeaux była szczególnie zaostrzona. Henryk, król Nawarry, głowa heretyków, stał się wskutek śmierci brata królewskiego przypuszczalnym następcą tronu, czym skrajnie katolicka Liga czuła się bardzo poruszona. Stawać na wspak zapędom katolików groziło zarzutem herezji; na wspak królowi Nawarry znaczyło narażać przyszłość, a może działać wbrew cichej woli samego króla, który w niejednym wypadku starał się stronnictwem hugonotów przeciwważyć wyrastające mu nad głowę wpływy i potęgę Guizów. Montaigne, katolik i rojalista, zachował w tym trudnym położeniu miarę, która sprawiła, iż „był szarpany ze wszystkich stron: dla gibelinów był gwelfem, dla gwelfów gibelinem”. Mimo to ostatecznie wyszedł obronną ręką ze swego urzędowania i z przyjemnością wrócił w zacisze domowe.
Wspomnieliśmy, iż mimo różnic wiary i obozu Montaigne czuł niezwyciężoną sympatię dla przyszłego wielkiego króla Francji, Henryka IV; sympatię, którą król Nawarry szczerze odwzajemniał. Jakieś powinowactwo ducha i temperamentu dzierzgało nieuchwytne nitki między tymi dwoma wielkimi Francuzami, obu Gaskończykami z rodu; a niedaleka przyszłość miała okazać, do jakiego stopnia instynkt Montaigne'a był trafny i o ile ów mądry król miał przybliżyć tron Francji do ideałów marzonych przez pisarza: rozumu, tolerancji, siły i dobroci. W okresie merostwa Montaigne'a stosunki ich osobiste zbliżyły się jeszcze; w r. 1584 król Nawarry wraz ze swą świtą odwiedził pisarza w domostwie jego w Montaigne, gdzie narządzono dlań łowy na jelenia.
Nieco przed końcem urzędowania Montaigne'a wybuchła w Bordeaux i okolicy straszliwa zaraza. Od czerwca do grudnia umarło w Bordeaux 14 000 osób, niemal połowa ludności. Montaigne był wówczas nieobecny w mieście. Jak zwykle, tak i w tym trudnym położeniu, zachował się poprawnie i z miarą. Kończące się urzędowanie wkładało nań jedynie obowiązek prezydowania przy wyborze następcy, funkcję czysto formalną i niestojącą w proporcji do niebezpieczeństwa, jakim groziło przybycie do miasta. Otóż Montaigne po prostu i otwarcie napisał do radnych, iż gotów jest życie i zdrowie bez wahania ofiarować dla interesów miasta, jeżeli uznają, że obecność jego jest potrzebna. Rajcy nie nastawali, Montaigne pozostał w domu3. Zresztą własny jego dom i cała okolica również nie uniknęły odwiedzin zarazy. W trzeciej księdze Prób pisarz daje nam przejmujący obraz powszechnej klęski i własnej żałosnej wędrówki.
W r. 1588 ukazało się w Paryżu piąte wydanie Prób, pomnożone o trzecią księgę i o sześćset dodatków do dwóch ksiąg poprzedzających. Przy tej sposobności poznaje Montaigne swą zapamiętałą wielbicielkę, pannę de Gournay, która w ostatnich latach pisarza staje się jakby przybraną córką, później zaś, po jego śmierci, poświęca całe życie kultowi pamięci autora Prób oraz pracy około jego puścizny literackiej. Paryż przedstawia wówczas obraz największego zamieszania; choroba doszła do serca Francji. Stronnictwo Ligi wygnało z Paryża króla i prześladowało jego zwolenników; Montaigne dla pozoru jakiegoś podejrzenia dostał się do Bastylii, gdzie spędził tylko pół dnia, uwolniony natychmiast za staraniem królowej-matki. Wypadki historyczne następują teraz po sobie z zawrotną szybkością. W r. 1588, w grudniu, pada z ręki mordercy książę de Guize; jako odpowiedź na to sztylet fanatycznego mnicha dosięga króla Henryka III – król Nawarry jako Henryk IV wstępuje na tron Francji. Wreszcie Montaigne może dać folgę krępowanym dotąd porywom sympatii, jakie ciągnęły go ku temu wielkiemu człowiekowi. „Od najdawniejszych czasów – pisze – widziałem w tobie, Najjaśniejszy Panie, ten los, któregoś teraz dostąpił. Przypominasz sobie może, iż gdyby mi nawet przyszło spowiadać się z tego przed moim proboszczem, nie umiałem nigdy nieżyczliwym okiem patrzeć na twe sukcesy; obecnie z tym większą słusznością i swobodą witam je z pełnego serca”. Oświadczenia te były bezinteresowną potrzebą duszy: gdy król czyni pierwsze kroki, aby ściągnąć go do siebie na dwór, filozof, podupadły na zdrowiu i zniechęcony do światowych tumultów, odmawia, nie bez pewnej dumy.
W r. 1590 wydaje za mąż jedyną córkę Leonorę; marzenie o zięciu, który by otoczył opieką jego starość, nie spełnia się, gdyż kawaler de la Tour zabiera żonę do swego majątku.
Montaigne umiera dnia 13 września 1592, w sześćdziesiątym roku.
Oto i życie pisarza, niezbyt bogate w wydarzenia zewnętrzne; życie, którego całe nasilenie zwraca się ku wewnątrz. Cechą jego jest pewien umiar, pewne świadome ograniczenie, zharmonizowanie dążeń i środków. Jedyne uczucie, które pochłonęło go całego, któremu oddaje się z fanatyzmem, to uczucie przyjaźni, już z natury swojej mieszkające w umiarkowanych strefach duszy. Mimo to obraz ten, jeśli mu się przypatrzyć bez uprzedzeń, odskakuje bardzo od wizerunku, jaki długo utrzymywał się w tradycji literackiej i przeciw któremu nowoczesna krytyka zakłada wciąż ponawiane protesty. Jest w ludziach tendencja do tworzenia legendy; rys jakiś, będący najczęściej rysem talentu, staje się, przez naszą leniwą skłonność do symplifikacji, kluczem do życia i charakteru pisarza: metoda tym fałszywsze dająca wyniki, im bogatszą i pełniejszą natura, do której się ją stosuje. Ta sama legenda, która z Rabelais'ego uczyniła sprośnego i baraszkującego opoja, przedstawiała długi czas Montaigne'a jako chłodną naturę sceptyka i egoisty, mieszkańca biblioteki odciętego od życia, domatora trzęsącego się nad własnym zdrowiem i wygodą. Gdzież przyczyna takiego przekształcenia owego tryskającego życiem Gaskończyka? Trochę, a nawet głównie, w nim samym. Montaigue obok różnych rodzajów kokieterii autorskiej ma jeden, zawsze ponoć niebezpieczny: tj. mówić niedbale i z lekceważeniem o sobie samym, mając wszelkie rękojmie, że wśród współczesnych czytelników nikt go nie weźmie zbyt ściśle za słowo. Nie liczył się w tym z „potomnością”; i w wielu wypadkach to właśnie się stało. Jest i drugi powód. Część dzieła najbardziej osobista, gdzie najwięcej wprost mówi o sobie, przypada na późne lata, gdy Montaigne, nękany chorobą, rozczarowany – aczkolwiek bez goryczy – układa się poniekąd do spoczynku. Ten obraz rozciągnięto niebacznie na całe życie pisarza, jakże od niego odmienne! W istocie jest to człowiek bardzo pełny, bardzo żywy, który ma prawo powiedzieć to, co powtarza za którymś ze starożytnych, iż „nic ludzkiego nie jest mu obce”; ale ma on w sobie coś ze szczęśliwej harmonii mędrców greckich: zrównoważenie wiedzy i życia. Doświadczenie życia, ciągle skupiane dośrodkowo lekturą i myślą;