Вознесенский проявил себя блестящим организатором промышленности во время войны, став заместителем Сталина по Государственному Комитету Обороны. Он был образованным экономистом и самым молодым членом Политбюро (44 года). Сталин несколько раз открыто подчеркивал, что считает именно Вознесенского своим наиболее подходящим преемником на посту главы правительства. Большинство историков полагает, что именно это сделало Вознесенского объектом заговора со стороны Маленкова и Берии. Против Вознесенского были сфабрикованы настолько искусственные обвинения, что их в тот период даже не пытались открыто обсуждать в печати. Опала Вознесенского была почти секретной, о ней знали лишь немногие. В марте 1949 года Вознесенский был снят со своих постов и выведен из состава Политбюро. В октябре 1949 года он был арестован и в конце 1950 года расстрелян.
Ликвидация Вознесенского не была связана с «ленинградским делом», по которому в 1950 году также были уничтожены многие видные партийные работники. Для Вознесенского МГБ создало особое «дело Госплана». Однако было бы наивным считать, что ликвидация Вознесенского произошла по инициативе Берии и Маленкова. Инициатива в таких делах всегда исходила от самого Сталина, Берия и Маленков были лишь исполнителями, в данном случае вполне заинтересованными. Лично я предполагаю, что Сталин, действительно понимая наличие у Вознесенского реальных шансов и способностей для руководства всей страной и его популярность, не нашел других способов лишить его этих шансов, кроме ликвидации. Сталин понимал, что Вознесенский как человек яркий и независимый, не будет сохранять культ Сталина. Вознесенский не был фанатиком идеологии, он стремился бы к реформам. А главное, Вознесенский не был причастен ни к каким политическим репрессиям, он не обагрил свои руки в крови террора 1930-х годов. Он мог поэтому совсем иначе взглянуть на репрессии довоенного периода и дать им иную оценку, чем та, которая была официальной. Сталин не мог оставить после себя человека, который был способен заняться пересмотром истории СССР и ВКП(б).
На заседаниях Политбюро только два человека позволяли себе спорить, хотя и в осторожной форме, со Сталиным – Молотов и Вознесенский. Вознесенский был слишком самостоятельной фигурой, выдвинувшись в период войны не по протекции, а благодаря деловым качествам. Он не являлся в полной мере «сталинистом».
В опубликованной недавно стенограмме июньского пленума ЦК КПСС 1957 года, на котором обсуждалась деятельность так называемой антипартийной группы Молотова, Маленкова, Кагановича и других, приведен характерный спор Хрущева и Маленкова о деле Вознесенского:
«Хрущев. Я об этом скажу. Маленков, будучи секретарем Центрального Комитета партии, был одним из самых доверенных лиц у Сталина и систематически неправильно информировал его об очень многих делах. Когда Сталин стал выдвигать Вознесенского на пост Председателя Совета Министров,