XXXIX корпус должен был пробиваться к Алитусу силами 7-й танковой дивизии, прикрываясь с севера (с левого фланга) 20-й танковой дивизией, а с юга (с правого фланга) – 20-й моторизованной дивизией. Такое построение выдает некоторые опасения командования 3-й танковой группы. Сильное фланговое прикрытие должно было обезопасить ударную группировку от контрударов советских стрелковых и танковых частей. Также следует отметить, что значительная часть подвижных соединений танковой группы Гота еще оставалась позади. Своего часа ждали 19-я танковая дивизия, 14-я и 18-я моторизованные дивизии.
Осторожность оказалась излишней, контрударов в первые часы войны не последовало. «Ножевое кольцо» было сразу же вдавлено на большую глубину в построение советской 11-й армии. Позднее Г.Гот писал: «Командование 39-го танкового корпуса направило оба танковых полка и часть 20-й моторизованной дивизии вдоль шоссейной дороги Сувалки – Калвария с задачей овладеть высотами южнее Калварии, имевшими важное тактическое значение. Этих сил оказалось слишком много, и такой расход не оправдывался». Оценка немецкой разведкой противостоящих советских частей на вильнюсском направлении оказалась сильно завышенной. Сбивать разрозненные части завесы отдельных батальонов у границы и обходить более крупные части не составляло большого труда. Обойдя с севера и юга 128-ю стрелковую дивизию, оба моторизованных корпуса 3-й танковой группы стремительно продвигались вперед. Начав наступление в 3:05, уже через пять часов, в 8:00, 22 июня моторизованная бригада 7-й танковой дивизии вышла к Калварии. Следующей целью были Алитус и мосты через Неман. Уже после того как начались боевые действия, основные силы 5, 23 и 188-й стрелковых дивизий начали выдвижение к границе. Однако они встретили войну в районе к юго-западу от Каунаса и фактически оставались в стороне от оси немецкого наступления.
Единственным советским соединением, стоявшим на пути немцев к Алитусу, была 5-я танковая дивизия. Она была наиболее сильным и, главное, подвижным резервом в руках командующего 11-й армии. Если бы на границе было достаточно войск для сдерживания первого удара противника, танковая дивизия могла выдвинуться на угрожаемое направление и подпирать контрударами стрелковые части. Однако, как мы знаем, на границе была только слабая завеса. В этих условиях подвижный резерв сам стал объектом атаки. Первый удар последовал с воздуха: в 4:20 утра немецкая авиация нанесла удар по паркам, казармам и аэродрому в расположении 5-й танковой дивизии. Он пришелся в пустоту, почти все люди и техника соединения были выведены в полевые лагеря. После авианалета сомнений уже не оставалось – война началась. Командир дивизии полковник Ф.Ф. Федоров отдал приказ о приведении частей в боевую готовность и выдвинул на западный берег Немана передовой отряд в составе нескольких танков и двух рот мотострелкового полка с артиллерией. Подразделения передового отряда начали окапываться на левом берегу Немана.