Уничтожение командного состава армии этим не ограничилось. Амин боялся нового переворота и был крайне подозрителен. Уже через три месяца число жертв режима превысило 10 тыс. Часть офицеров, попавших под подозрение, вызвали на учения по внутренней безопасности в тюрьму Макиенде. Там их заперли в камерах и закололи штыками. Штабных офицеров собрали в зале якобы для того, чтобы послушать лекцию президента, и забросали там гранатами. Официально всех объявили предателями и сообщили, что их расстреляли после суда. Потом Амин развязал геноцид против военных из враждебных ему племен ачоли и ланги. В армии их насчитывалось примерно 5 тысяч. Вскоре 4 тысячи из них были уничтожены. Но пострадали и гражданские лица. Действовал приказ Амина уничтожать всех, чья фамилия начинается на «О». Это означало принадлежность к народу Оботе. Трупы скармливали крокодилам, жившим в специальном садке.
Когда двое американцев – журналистка Н. Строу и преподаватель социологии Р. Сидле – попытались разобраться в ситуации, их застрелили, а трупы зарыли в воронке от снаряда. Когда же американское посольство стало интересоваться судьбой своих граждан, тела были срочно выкопаны и сожжены. Позже по настоянию США началось судебное расследование, признавшее аминовских офицеров виновными. Но Амин объявил его результаты недействительными.
Долго все это не могло оставаться в тайне. Из страны началось повальное бегство интеллигенции, которую Амин ненавидел и преследовал. В страхе за свою жизнь из заграничных командировок отказались возвращаться 15 министров, 6 послов и 8 заместителей министров. Поэтому, когда диктатор впервые отправился за рубеж, чтобы заручиться финансовой поддержкой Израиля, ему было отказано. Тогда взбешенный Амин нашел союзника в лице ливийского лидера М. Каддафи – ярого противника еврейского государства. Вскоре в Уганде было открыто представительство Палестинской организации Освобождения. Из страны выдворили всех израильских специалистов, помогавших в строительстве ряда объектов. В Уганде, где мусульмане составляли всего 10 процентов населения, началась насильственная исламизация. Мужчинам было разрешено брать любое количество жен. До чадры, правда, дело не дошло, но женщинам запретили носить мини-юбки, брюки и парики.
Сам Амин за время президентства имел 5 жен и не менее тридцати любовниц.