Последующие 10 лет империей правила мать Мурада, Кесем-султан со своими советниками. О сложившейся в это время обстановке было сказано выше. В 1632 г. положение стало критическим. В Йемене и Ливане были мятежи, в Анатолии губернатор Эрзурума Абаза Мехмед-паша поднял восстание и истреблял янычар, которых очень не любил. В Крыму восстали татары, и цена там за раба-турка сравнялась с ценой на пиво. Русские казаки совершали набеги на османские порты Черного моря, вплоть до Босфора и Стамбула. В самой столице назревал бунт.
Сипахи пришли к султану и потребовали выдать им семнадцать чиновников, в том числе визиря Хафиза Ахмед-пашу и муфтия. Мурад был дружен с Хафизом и велел тому бежать. Сипахи стали угрожать физической расправой самому Мураду. Реджеб-паша, новый визирь, уговорил султана выдать Хафиза и остальных: «Лучше голова великого визиря, чем голова султана». Мурад послал за Хафизом, а сам пытался убедить бунтовщиков не проливать крови. Хафиз все понял и, смирившись с судьбой, сказал Мураду: «Великий падишах, позволь тысяче рабов, подобных Хафизу, умереть ради безопасности твоего трона! Но не наноси мне удар, отдай меня этим безумцам, чтобы я мог умереть смертью мученика». Его убили на глазах у Мурада. Разъяренный султан догадывался, кто стоит за бунтом сипахов. Однажды Реджеб-пашу пригласили во дворец, где его встретили «черные евнухи» и отрубили голову по приказу Мурада, а тело выбросили за ворота дворца. Это произвело сильное впечатление на мятежников.
Мурад IV был готов к самостоятельному правлению. Эвлия Челеби, лично знавший Мурада и пользовавшийся покровительством двора, сообщает о большой физической силе султана. Он отлично стрелял из лука и ружья, владел саблей и дротиком, был ловким наездником и борцом «подобно самому пророку Мухаммеду». Позже Эвлия писал, что еще не было султана, «столь атлетичного, так хорошо сложенного, столь деспотичного, столь страшного для своих врагов или столь возвеличиваемого». И как итог наблюдений: «Мурад был наиболее кровавым из всех османских султанов».
После казни Реджеба Мурад собрал на берегу Босфора открытый Диван, на котором потребовал от янычар и сипахов принести клятву на верность, что те и сделали. Затем он говорил с судьями о восстановлении законности. Судьи жаловались ему на насилие и произвол армии. Один из них сказал: «Мой падишах, единственным лекарством против всех этих злоупотреблений является ятаган!» Мурад согласился.
В Стамбуле стали наводить порядок. Силами янычар и при поддержке жителей столицы было организовано массовое уничтожение вооруженных банд. По приказу султана