Не меньше загадок сокрыто и в истории правления наследников Эхнатона. В отдельных случаях высказывается предположение, что после него на троне находилась Нефертити, принявшая имя Сменхкара. Другие же, очевидно, с большим на то основанием, считают соправителя, а потом и фараона, известного под этим именем, сыном фараона Аменхотепа III от одной из его второстепенных жен. Наиболее правдоподобной представляется гипотеза, что Сменхкара – сын Эхнатона от его второй жены Кии либо брат Тутанхамона. А известный исследователь этого периода египетской истории М. Э. Матье называет его мужем старшей дочери Эхнатона, Меритатон, что, при принятых у фараонов кровосмесительных браках, не исключает этих вариантов. И трон, по египетским понятиям, он, таким образом, занял на совершенно законных основаниях.
Однако прожил Сменхкара совсем недолго и царствовал не более трех лет. Сведения о смерти этого фараона и смерти Меритатон отсутствуют. Они просто исчезают из поля зрения историков за отсутствием каких-либо данных. Сменхкара наследовал юный Тутанхамон, муж одной из дочерей Эхнатона, Анхесенпаатон. Он тоже умер совсем молодым, в восемнадцатилетнем возрасте, возможно, не своей смертью. Предполагают, что возврат к старым фиванским культам не спас его от ненависти жрецов или царедворцев. Однако все это не подтверждено какими-либо достоверными свидетельствами.
Одними из самых привлекательных для публики являются загадки, связанные с мумиями Эхнатона, а также цариц Тии, Нефертити, его второй жены Кии и Сменхкара. В связи с находками в Египте постоянно циркулируют всякие слухи, порождающие сенсационные заявления. И лишь немногие из них имеют под собой реальную почву.
О том, что мумия Эхнатона наконец-то найдена, сообщалось неоднократно. В 1898 году французский ученый Виктор Лоре раскопал небольшую гробницу в Долине фараонов. Оказалось, что она принадлежит Аменхотепу II. Но там были обнаружены еще две мумии с именами Тутмоса IV и Аменхотепа III. Дальнейшие исследования показали, что третья мумия не могла принадлежать Аменхотепу. Тогда, основываясь на том, что останки имели широкие бедра, предположили, что это Эхнатон, а надпись сделана для того, чтобы уберечь мумию от уничтожения. Однако полной уверенности в этом нет.
В 1907 году американский археолог-любитель Теодор Дэвис тоже открыл необычайное захоронение, получившее официальное название гробницы № 55. В нем был найден саркофаг с