Находясь в Афганистане, бен Ладен мог осуществлять свою деятельность совершенно безнаказанно. Талибы, захватившие власть на большей части территории страны, создали для этого все условия.
В афганской провинции Нангархар был организован очередной лагерь по подготовке террористов. Затем Усама занялся мощным комплексом военных баз и тренировочных лагерей «Завакили аль-Бадр», созданным им еще во время первого пребывания в Афганистане. Здесь готовились командиры, пропагандисты, специалисты по минно-взрывному делу, разведке и связи. Были установлены контакты с вождями пуштунских племен юга и юго-востока Афганистана.
Не оставил бен Ладен без внимания и соседние страны. Именно тогда под его влияние подпала наиболее экстремистская часть «Объединенной таджикской оппозиции». Особенно его интересовали исламские группировки в европейских странах и США. По данным ЦРУ, бен Ладен выделил крупную сумму в поддержку таких организаций, существующих в Бруклине, Нью-Джерси и Детройте. Иногда он выезжал и за рубеж. Известно, что в июне 1996 года главный спонсор терроризма принимал участие в конференции исламских террористических организаций в Тегеране, которая проводилась под патронатом иранского разведывательного управления.
В 1998 году Усама опубликовал фатву (фетву) – воззвание к мусульманам с призывом уничтожать американцев и их союзников – как военных так и гражданских. А в фатве 1999 года потребовал от правоверных убивать американских налогоплательщиков за то, что их средства расходуются на военные операции в арабских странах. К тому времени на счету бен Ладена уже накопился целый ряд крупных террористических актов. С 1998 года США внесли его в список 10 самых опасных преступников мира.
В этом же году американцы получили информацию, что Усама находится в одном из тренировочных лагерей на территории Афганистана, и обрушили на лагерь крылатые ракеты. Однако за 2 часа до этого они все же сообщили правительству Афганистана о готовящейся операции. Конечно, бен Ладена предупредили. В правительстве у террористов были свои люди, которые помогли ему спастись.
И вот грянули события 11 сентября 2001 года. Самый крупный в истории теракт тут же был приписан деятельности «Аль-Каиды», а Усама бен Ладен объявлен врагом Соединенных Штатов № 1. В октябре 2001 года США и их союзники начали на территории Афганистана военную операцию, закончившуюся разгромом талибов. Одной из главных целей операции был захват Усамы бен Ладена. Однако всей мощи самой сильной из мировых держав не хватило для того, чтобы поймать террориста.