Помимо усмирения восставших городов, необходимо было преодолевать трудности, возникшие в связи с папским престолом. После смерти Адриана IV сторонники императора избрали на этот пост Виктора IV, а его противники – Александра III. Церковный собор, созванный Фридрихом I, объявил Александра низложенным, а тот, в свою очередь, отлучил императора от церкви, а его вассалов освободил от присяги. Поход на Рим был неизбежен.
В мае 1161 года, вернув войска из Германии и созвав итальянских вассалов, Фридрих Барбаросса вновь осадил Милан. Через десять месяцев горожане сдались на милость победителя. Император велел жителям покинуть город с тем имуществом, которое они смогут унести, и расселиться в неукрепленных городах. Милан по приказу Фридриха I был полностью разрушен. После такого сокрушительного поражения сдались остальные восставшие города. Жителям было велено разобрать городские стены, выплатить контрибуцию и принять наместников. Главный оплот недовольных имперской политикой – Ломбардия – пал, и Барбаросса начал готовиться к походу на Рим. Но в 1163 году восстали северо-восточные города Италии – Верона, Венеция, Виченца и Падуя. Сил для осады таких крупных городов у императора не было, и он вновь вынужден был вернуться в Германию. Весной 1165 года, собрав большое войско, Фридрих двинулся прямо на Рим. В 1164 году избранный сторонниками императора папа Виктор IV умер, и его место занял Пасхалий III. Барбаросса, оккупировавший к июню весь левый берег Тибра, предложил обоим папам сложить с себя сан и провести новые выборы. Александр III к неудовольствию горожан, желавших избежать кровопролития, отказался от предложения императора. Теперь римляне были против несговорчивого папы, а не Фридриха I. Александру III пришлось бежать из города, а император торжественно въехал в Рим. Папе Пасхалию III не оставили былых папских полномочий и власти. Для укрепления императорской власти сенат и префектура города подчинялись отныне императору лично.
Но радость победы была внезапно омрачена жестокой эпидемией чумы, вспыхнувшей в германском войске. Фридрих I поспешно повел остатки своей армии на север, где обнаружил совсем не радостную для себя картину. К восставшим ранее северо-восточным городам примкнули практически все северные