Но эти мучения были ничто в сравнении с тем, что пришлось испытать раненым и больным. Сохранилось немало свидетельств того, что Наполеон приказал оставить безнадежно больных чумой и дать им сильные дозы опиума. Впоследствии и сам главнокомандующий подтвердил этот факт, правда, не называя количество этих обреченных: «В этом есть доля правды. Несколько солдат моей армии заболело чумой; им оставалось жить меньше суток; надо было немедленно выступить в поход; я спросил Деженетта, можно ли взять их с собой; он ответил, что это связано с риском распространить чуму в армии и к тому же не принесет никакой пользы людям, вылечить которых невозможно. Я велел ему прописать им сильную дозу опиума и прибавил, что это лучше, чем отдать их во власть турок. Он с большим достоинством возразил мне, что его дело – лечить людей, а не убивать их. Может быть, он был прав, хотя я просил его сделать для них только то, о чем сам попросил бы моих лучших друзей, окажись я в таком положении. Впоследствии я часто размышлял об этом случае с точки зрения морали, спрашивал у многих людей их мнение на этот счет, и мне думается, что, в сущности, все же лучше дать человеку закончить путь, назначенный ему судьбою, каков бы он ни был. Я пришел к этому выводу позже, видя смерть бедного моего друга Дюрока, который, когда у него на моих глазах внутренности вывалились на землю, несколько раз горячо просил меня положить конец его мучениям; я ему сказал: “Мне жаль вас, друг мой, но ничего не поделаешь; надо страдать до конца”».
А вот как вспоминал Бонапарт об этих событиях, будучи уже затворником на острове Святой Елены: «…у меня было сто человек, безнадежно больных чумой: ежели бы я их оставил, то их всех перерезали бы турки, и я спросил у врача Деженетта, нельзя ли дать им опиум для облегчения страданий: он возразил, что его долг только лечить, и раненые были оставлены. Как я и предполагал, через несколько часов все они были перерезаны». Главнокомандующий считал, что такое решение было продиктовано тогдашним положением. Своеобразной попыткой морально оправдаться можно считать его слова, сказанные уже по возвращении во Францию: «В таких обстоятельствах я приказал бы отравить собственного сына».
Что касается судьбы раненых, то мнения здесь противоречивы. Так один из участников похода (по видимости, Бурьенн) вспоминал: «Я видел, что сбрасывали с носилок изувеченных офицеров, коих приказано было нести и которые даже заплатили за этот труд деньги. Я видел, что покидали в степи