1941 г. прибыли на ст. Витебск. После разгрузки дивизия вошла в состав 22-ю армии резерва Ставки ГК. С 6 июля она была передана в состав 20-й армии Западного фронта и вступила в бои на подступах к Витебску. В ходе Смоленского сражения в июле – начале августа дивизия вела бой в окружении, затем прорвала вражеское кольцо, форсировала р. Черница и с боями вышла к р. Днепр в районе Соловьевской переправы. С 23 августа по 10 сентября ее части вели оборонительные бои в районе нас. пункта Могильцы, сдерживая противника, стремившегося прорваться в район Ельни. За исключительную организованность, упорство, героизм и отвагу личного состава дивизия была преобразована в 3-ю гвардейскую, а ее командир полковник Н. А. Гаген награжден орденом Ленина (9.8.1941). С 14 по 19 сентября дивизия находилась на пополнении, затем была передислоцирована на Ленинградский фронт в 54-ю армию, где участвовала в Синявинской операции, в боях в районе ст. Мга. 15 ноября дивизия была направлена на оборону г. Волхов, затем участвовала в Тихвинской наступательной операции. Ее части продвинулись на запад от г. Волхов до 70 км и освободили 52 нас. пункта. 13 декабря генерал-майор Н. А. Гаген назначается командующим Волховской оперативной группой. С 29 января по 15 февраля 1942 г. на базе управления этой оперативной группы и частей его бывшей 3-й гвардейской стрелковой дивизии в г. Волхов был сформирован 4-й гвардейский стрелковый корпус, а генерал-майор Н. А. Гаген утвержден его командиром. В составе 54-й армии Ленинградского фронта участвовал в Любанской и Синявинской операциях. Со 2 мая 1943 г. исполнял должность командующего 57-й армией и воевал на Юго-Западном, с 9 августа – Степном, а с 20 октября – 2-м Украинском фронтах. Войска армии участвовали в Белгородско-Харьковской наступательной операции и освобождении Левобережной Украины. 22 февраля 1944 г. 57-я армия была передана из 2-го Украинского в состав 3-го Украинского фронта и приняла участие в Березнеговато-Снигиревской наступательной операции, в ходе которой было нанесено поражение 6-й немецкой армии. В Одесской наступательной операции Н. А. Гаген умело управлял войсками армии при прорыве обороны противника на правом берегу р. Южный Буг и обеспечении ввода в прорыв конно-механизированной группы и танкового корпуса. В Ясско-Кишиневской стратегической наступательной операции войска армии участвовали в прорыве сильно укрепленной обороны противника, отражении его контрударов, окружении и разгроме кишиневской группировки врага. С конца октября генерал-лейтенант Н. А. Гаген по состоянию здоровья состоял в распоряжении ГУК НКО, затем с 16 января 1945 г. и до конца войны командовал 26-й армией. В составе войск 3-го Украинского фронта участвовал в Будапештской наступательной, Балатонской оборонительной и Венской наступательной операциях. После войны генерал-лейтенант Н. А. Гаген до сентября 1945 г. продолжал командовать 26-й армией, а с ее расформированием состоял в распоряжении ГУК НКО. С декабря исполнял должность командира 3-го горнострелкового корпуса в ПрикВО. С февраля 1947 г. он был пом. командующего войсками по строевой части Приморского ВО,
