С сентября был пом. командира отряда 35-го батальона корпуса ВЧК по охране железных дорог. В мае 1920 г. зачислен курсантом на 2-е Московские пехотные командные курсы. В марте 1921 г. с батальоном курсантов участвовал в подавлении Кронштадтского мятежа. С декабря того же года по март 1923 г. в составе сводной бригады курсантов сражался с финскими вооруженными формированиями, вторгнувшимися в Советскую Карелию. В августе 1922 г. окончил курсы и назначен в 19-ю стрелковую дивизию МВО в г. Воронеж, где проходил службу командиром взвода и пом. командира роты 56-го стрелкового полка, с мая 1924 г. – командиром роты 57-го стрелкового полка. С октября 1924 по август 1925 г. находился на курсах «Выстрел», по возвращении в полк был ответственным секретарем партбюро и врид начальника полковой школы. В мае 1928 г. зачислен слушателем в Военную академию РККА им. М. В. Фрунзе. В мае 1931 г. окончил ее по 1-му разряду и назначен начальником 1-й части штаба 2-й Белорусской стрелковой дивизии БВО в г. Минск. С декабря 1933 по июль 1934 г. вновь проходил обучение в той же академии на оперативном факультете, затем вернулся в дивизию на прежнюю должность. С ноября 1934 по январь 1935 г. временно исполнял должность начальника штаба дивизии. В марте 1935 г. переведен в Генштаб РККА, где занимал должности пом. начальника, а с августа 1937 г. – начальника 2-го отделения 1-го отдела, с февраля 1938 г. – начальника 2-го отдела. 4 мая 1939 г. комбриг Д. И. Гудков назначается зам. начальника штаба СКВО. В октябре 1940 г. переведен в Военную академию им. М. В. Фрунзе преподавателем кафедры общей тактики. 5 апреля 1941 г. назначен начальником штаба 44-й стрелковой дивизии КОВО. Накануне вторжения немецко-фашистских войск она входила в 13-й стрелковый корпус 12-й армии. С началом Великой Отечественной войны дивизия в составе этих же корпуса и армии Юго-Западного фронта участвовала в приграничном сражении, вела тяжелые оборонительные бои южнее г. Станислав. Во второй половине июля 1941 г. ее части в составе 8-го стрелкового корпуса 12-й армии Южного фронта вели бои в окружении на уманском направлении. В августе – сентябре комбриг Д. И. Гудков командовал особой группой Резервной армии Южного фронта под Днепропетровском и отдельным полком 12-й армии на р. Днепр (между Днепропетровском и Запорожье). 30 сентября он назначен командиром 261-й стрелковой дивизии, которая в это время после тяжелых боев находилась на переформировании в г. Ворошиловград. В начале ноября дивизия была переброшена в район Первомайска и вела оборонительные бои с прорвавшимся в район Краматорская противником. С 22 ноября ее части перешли в наступление и участвовали в Ростовской наступательной операции, в ходе которой освободили 28 нас. пунктов. В начале декабря за допущенные просчеты в управлении частями, а также большие потери генерал-майор Д. И. Гудков был отстранен от командования дивизией и 26 декабря назначен командиром 263-го стрелкового полка 51-й Перекопской стрелковой дивизии. В составе 9-й армии Южного фронта участвовал с ней в Барвенково-Лозовской наступательной операции. С февраля 1942 г. исполнял должность зам. командира этой дивизии. С 13 марта зачислен в распоряжение Военного совета СКВО, затем
