Линней смог подготовиться к поступлению в университет и поступил в ближайший территориально Лундский. Пост приходского пастора после смерти Нильса Линнея перешел к младшему сыну Самуэлю, который, кстати, увлекался пчелами и в дальнейшем даже написал книгу о пчеловодстве. В Лунде Карл Линней поселился дома у профессора Килиана Стобеуса, врача, натуралиста, естествоиспытателя, историка, философа. Это был второй человек, который оказал большое влияние на Карла Линнея и многому его научил. Линнея со Стобеусом познакомил преподаватель философии из гимназии, где Линней учился. Тот тоже увидел в мальчике талант.
Карл Линней запоем читал книги из огромной библиотеки Стобеуса. Также на него большое впечатление произвела коллекция профессора, причем больше всего – гербарий. Также у Стобеуса были минералы, раковины и чучела птиц. Но Линней никогда раньше не видел, чтобы растения хранили в засушенном виде и подобным систематизированным образом, как был оформлен гербарий у Стобеуса. Карл Линней активно занялся составлением гербария растений, произраставших в Линде и окрестностях.
В дальнейшем Линней признавался, что наиболее интересными для него в университете были лекции Стобеуса, а также общение с этим человеком, который помог ему систематизировать знания, почерпнутые из книг и наблюдений. Именно Стобеус проповедовал принцип все подвергать сомнению, им Линней руководствовался на протяжении всей жизни. Стобеус был большим поклонником французского философа Рене Декарта и подробно рассказывал о нем студентам на лекциях. Декарт считал, что сомнение – это единственный метод мышления, который позволяет прийти к установлению истины. И Линней стал следовать принципам Декарта.
В университете Карл обучался медицине и химии. Стобеус, как и Ротман до этого, занимался с талантливым учеником индивидуально и вскоре стал брать его с собой к больным. Стобеус не только читал лекции, но и занимался практической медициной. Ротман и Стобеус сыграли огромную роль в формировании будущего ученого и относились к нему не только как к ученику, но и как к сыну. И Линней был им благодарен.
Через некоторое время Юхан Ротман посоветовал Линнею сменить университет, и молодой человек переехал в Упсалу где было больше возможностей для изучения медицины. Там произошла еще одна судьбоносная встреча – с профессором востоковедения,