Контакт был установлен, сотрудничество обозначилось, однако к этому времени на Запад бежал сотрудник КГБ Носенко, который мог «сдать» Боярова, так как знал его лично. Потребовалось максимальное внимание, приостановка контактов.
К этому моменту советские власти выдворили из Москвы второго секретаря английского посольства, и через очень короткое время, в августе 1965 года, в качестве ответного хода В. Боярова объявляют в Англии «персоной нон грата». Москва не имела претензий к своему сотруднику. Напротив, его активность была отмечена высоко. Его наградили медалью «За боевые заслуги», которую ему вручил Председатель Президиума Верховного Совета СССР А.И. Микоян.
В 1965 году В. Бояров назначается заместителем начальника службы № 2 внешней контрразведки первого Главного управления КГБ СССР. Этот период характерен углубленной учёбой (в дипломатической школе), изучением системы контрразведки, сложившейся в мировой практике. В.К. Бояров анализирует американский, мексиканский, североафриканский опыт контрразведки.
В ноябре 1969 года руководитель внешней контрразведки Г.Ф. Григоренко был назначен руководителем контрразведки КГБ СССР и рекомендовал Боярова в качестве своего преемника.
В январе 1970 года В.К. Бояров назначается начальником службы № 2 ПГУ КГБ СССР. В июне 1970 года он заочно оканчивает высшую дипломатическую школу.
К этому времени во многих странах в отношении советских граждан созрела весьма тревожная обстановка. Это выражалось, в частности, в многочисленных фактах вербовки советских граждан за рубежом. Участились инциденты в отношении посольств СССР во многих странах мира.
Руководством комитета была осознана мысль о необходимости существенно повысить роль контрразведки СССР в мире.
При личном участии Боярова вводится официальный институт офицеров безопасности. Организовывается специальная охрана посольств в Нью-Йорке, Бонне, странах Латинской Америки силами офицеров погранвойск. Подбор этих кадров, их обучение ведутся под непосредственным руководством В.К. Боярова.
Этот период характерен весьма успешной работой по проникновению советских разведчиков в серьёзные структуры на Западе. Перед ними ставится задача установить реальные действия, которые замышляются против безопасности СССР.
В.К. Боярову пришлось окунуться в самые сложные операции, которые выпали на долю разведки. Одним из наиболее драматичных случаев стал эпизод, когда командир российского эсминца капитан 1 ранга Артамонов бежал в Швецию, затем добрался до США и там был принят на работу в разведывательное