La guerra fue cruenta, con victorias y derrotas en ambos bandos. En un momento en que parecía que las fuerzas de Huáscar se imponían y salían en persecución de las diezmadas tropas rebeldes, el Inca, que se hallaba al frente de una parte de su Ejército, cayó en una trampa. Quisquis, el veterano general que servía a Atahualpa, en un acto suicida se lanzó con algunos de sus hombres contra la litera del monarca, haciéndole caer violentamente de las andas y tomándolo como rehén. Ya en prisión, Huáscar fue torturado horadándole salvajemente los hombros para introducir una soga de la cual se lo arrastraría.
Una vez se hizo nombrar Inca, Atahualpa ordenó terribles represalias contra la familia de Huáscar, que fue exterminada casi en su totalidad, degollándolos delante suyo para incrementar aún más su sufrimiento. En Qosqo se extendió la matanza empezando por los nobles leales al rey vencido, seguidos por otros de sus hermanos, algunos de los cuales tuvieron que huir o esconderse, y solo unos pocos fueron perdonados por ser muy jóvenes y encontrarse al cuidado de los restos de Huayna Cápac y de su wauke, el doble representado en un ídolo de piedra y oro que guardaba en su interior el corazón momificado del soberano fallecido para perpetuar su memoria y su energía.
En esos días también se persiguió y se dio muerte a muchos de los amautas o sabios maestros del conocimiento, así como a algunos de los quipucamayocs, que eran los lectores e intérpretes de los quipus, sistema nemotécnico consistente en cuerdas y nudos de colores donde se guardaba el registro de información del imperio. Se prendió fuego a los quipus, con la finalidad de hacer desaparecer los archivos de la Historia y así legitimar al usurpador Atahualpa. Durante la barbarie se destruyeron igualmente las tablas de madera que contenían grabados los tocapus o jeroglíficos incas, donde se relataban los orígenes y la Historia de los incas, así como de los antepasados wari, cuya confección había ordenado el Inca Pachacutec, y con ellos desaparecieron las claves de interpretación de los tocapus.
Aun tiempo después de haber sido hecho prisionero por las tropas españolas, Atahualpa pudo consumar su venganza. Una noche en Cajamarca, encontrándose muy alegre en compañía de algunos soldados europeos que lo retenían, miró al cielo y vio en el firmamento, en dirección a Qosqo, un cometa de fuego; se levantó y elevando su vaso como para celebrarlo dijo:
–Pronto habrá de morir en esta tierra un gran señor.
Tales palabras no eran sino la anticipación de sus deseos. Debía deshacerse rápidamente de Huáscar, pues temía que los viracocha pudiesen devolver el poder a su hermano. Ordenó asesinar de inmediato a su rival y, como símbolo de poder, bebió chicha, el licor de maíz, en su cráneo, al que había mandado previamente incrustar un kero o vaso de madera y un caño entre los dientes.
Igual suerte sufrieron más tarde otros dos de sus hermanos: Huaman Tito y Mayta Yupanqui. Encontrándose estos en Cajamarca pidieron licencia a Pizarro para ir a Qosqo, pero en el camino fueron asesinados por la gente de Atahualpa.
Con el primer viaje de exploración de Francisco Pizarro, en 1524, llegaron noticias de la costa norte, que pusieron sobre aviso al Inca Huayna Cápac acerca de la llegada de hombres blancos barbados. En estos primeros desembarcos esporádicos se contagió a los locales con la viruela, que de inmediato se extendió por todo el imperio causando terrible mortandad hasta la muerte del Inca en el año 1525. Pero fue en 1532, durante la guerra civil de los hijos del Inca, cuando Pizarro y su gente desembarcaron definitivamente en la zona de Tumbes y Piura. Al preguntar cómo se llamaba aquel lugar le contestaron que Virú (que era solo el nombre de un valle), que derivaría posteriormente en la palabra Perú y en la denominación de todo el territorio del imperio, cuyo nombre original era Tahuantinsuyo.
De Piura partieron las huestes castellanas con sesenta y siete hombres a caballo y 110 de infantería con dirección a Cajamarca, donde, tras instalarse en la ciudad, se fortificaron y planearon la trampa con la cual capturarían al Inca Atahualpa, que se encontraba en las inmediaciones. Atahualpa no mandó a sus huestes a cortarles el paso por el camino, pues era temeroso y supersticioso y pensaba que podrían ser dioses que iban a cuestionar sus acciones. Por ello solo envió espías a su paso para irlos midiendo y evaluando.
Los conquistadores invitaron al Inca como gesto de buena voluntad a parlamentar sin armas en la plaza de la ciudad, a donde llegó Atahualpa el día 16 de noviembre acompañado de 8.000 hombres desarmados. Fueron recibidos de extraña manera en la plaza principal de Cajamarca por el cura Valverde, quien después de tratar de catequizarlo, exasperó al monarca. Aprovecharon la ocasión para tener la excusa de atacarlo traicioneramente y capturarlo en medio de una masacre con disparos de arcabuces y carga de caballería, que costó la vida a 4.000 hombres.
Durante el cautiverio, que duró ocho meses, Atahualpa, retenido en el Amaruhuasi (casa de las serpientes del linaje de los Amaru), tuvo la oportunidad de conocer muy de cerca a sus captores, sobre todo sus marcadas debilidades, entre las que se encontraba una ambición desmedida. Por ello, en un plazo relativamente corto ofreció pagar por su libertad tres habitaciones llenas de tesoros, una de oro y dos de plata hasta la altura que alcanzara su mano en el muro parado sobre las puntas de sus pies. Los españoles aceptaron el canje y dieron su palabra de liberarlo una vez cumpliera con el ofrecimiento.
Los tesoros empezaron a llegar efectivamente a Cajamarca en caravanas de llamas que acudían de todos los santuarios y rincones del reino. El 18 de julio de 1533 tuvo lugar el reparto entre los hombres de caballería e infantería que acompañaban a Pizarro, ascendiendo el monto, después de haber fundido innumerables joyas, vajillas, ídolos, cetros, etc. de belleza sin igual e incalculable valor artístico, a 1.326.539 castellanos de oro y a unos cincuenta y siete mil marcos de plata5.
Sin embargo, los pagos reunidos no libraron de la muerte a Atahualpa, pues los conquistadores en ningún momento se habían planteado seriamente cumplir su promesa, ante la posibilidad de que el Inca, una vez libre y conociendo la naturaleza humana de sus captores, dirigiese él mismo un ataque contra ellos.
Cuando el Inca comprendió que estaba perdido y que los extranjeros eran mentirosos y muy astutos, recordó que un famoso vidente Challco le había profetizado la caída del imperio, diciéndole: «Muy pronto serás destronado y despojado de tu reino y sujeto, no a Huáscar, sino a unos extranjeros que van surcando el mar contra la furia de los vientos, frustrando sus tormentas. Han tomado puerto y lo tienen seguro en estas tierras; es gente grave, ambiciosa, temeraria e incansable en sus empresas. Serás su prisionero, y han de quitarte la vida y con ella desaparecerá tu descendencia».
También le vino a la mente lo que su padre Huayna Cápac le había dicho a la hora de su muerte: que en plena fiesta del Inti Raymi o Fiesta del Sol en Qosqo, se vio venir por el aire a un cóndor perseguido por cinco o seis halcones y otros tantos cernícalos, los cuales atacaban a la gran ave por turnos, impidiéndole volar y tratando de matarla a picotazos. El cóndor, al no poderse defender, cayó en medio de la plaza mayor entre los sacerdotes, quienes al tocarlo vieron que estaba enfermo, cubierto de caspa, con sarna y casi sin plumas, hecho que fue considerado de mal agüero.
Al consultar Huayna Cápac el significado de aquella visión profética, los adivinos le vaticinaron derramamiento de sangre real, guerras entre sus hijos y finalmente destrucción del orden y desaparición del imperio por parte de invasores. El monarca, indignado por tales conclusiones, despidió de inmediato y de mala manera a tan agoreros adivinos pero se quedó con la incertidumbre y fue presa de terrible angustia, por lo que mandó reunir a todos los sortílegos, e incluso a uno muy notable de la nación yauyu, todos los cuales confirmaron el vaticinio. El Inca, disimulando su temor, los despidió igualmente. Fueron ordenados gran cantidad de sacrificios y donativos a los templos, acompañados de nuevas consultas, pero las respuestas de los oráculos fueron confusas.
Los días y las noches de su prisión eran sumamente angustiantes para Atahualpa. Por su mente circulaban y afloraban todos los recuerdos de su vida, sobre todo otros momentos dramáticos como cuando su padre, en el lecho de muerte, todo él cubierto de pústulas producto