Гораздо успешнее действовали германские субмарины. В начале войны у Германии было только 57 подводных лодок, приспособленных к плаванию только в прибрежных водах. После капитуляции Франции, когда Гитлер пытался любой ценой сломить сопротивление Англии, используя новые базы во Франции и Бельгии, Германия постепенно перешла к неограниченной подводной войне. За годы войны было построено еще более тысячи субмарин, значительная часть которых была предназначена для действий в океане. Командующий подводным флотом гросс-адмирал Карл Дёниц разработал тактику «волчьих стай», когда, в отличие от Первой мировой войны, на конвои судов нападали группы подлодок. Была также налажена система снабжения подлодок в океане вдали от баз, что значительно расширило радиус их действия.
В подводной же войне в первые годы Германии удалось достичь впечатляющих успехов. Число подводных лодок, постоянно участвующих в боевых походах, было увеличено с 10–15 осенью 1940 года до 35–40 летом 1941 года и поддерживалось на этом уровне почти всю войну. Кульминации подводная война достигла в марте 1943 года, когда в Атлантике германские подлодки потопили неприятельские суда общим тоннажем около 0,5 миллиона бруто-регистровых тонн, а на других морях – еще около 200 тыс. брт. Однако в дальнейшем широкое использование авиации и радаров, способных обнаружить подводные цели, а также введение в строй большого числа эскортных кораблей, в том числе авианосцев, помогло союзникам справиться с подводной угрозой. Американская судостроительная промышленность увеличила свои мощности и смогла компенсировать потери торгового судоходства. Количество уничтоженных подлодок стало стремительно увеличиваться. Так, в июне 1943 года немцы потеряли 21 подводную лодку, а в июле – уже 33. Тоннаж же потопленных судов уменьшился и в 1944 году редко когда превышал 100 тыс. брт в месяц. Во второй половине 1944 года, когда немцы потеряли базы во Франции и Бельгии, эффективность атак подлодок значительно снизилась. Всего за годы войны немецкие подводные лодки потопили 3000 союзных судов водоизмещением около 14,5 миллиона борт, а также 178 военных кораблей и 11 вспомогательных крейсеров. На долю германских подводных лодок приходится 68 % потерь торгового тоннажа союзников и 37,5 % потерь боевых кораблей. Погибло около 70 тыс. военных моряков и около 30 тыс. моряков торгового флота союзников. За это же время в Англии было построено новых торговых судов общим водоизмещением в 4,5 миллиона брт, а в США – около 35 миллионов брт, что в сумме почти втрое превышало потопленный тоннаж. Из 1153 подводных лодок, поступивших на вооружение германского флота, 659 лодок было потоплено в море, 63 стали жертвами бомбардировок в гаванях, а еще 58 погибли в результате аварий. Из уцелевших к концу войны лодок 219 были затоплены экипажами после капитуляции, а 154 переданы союзникам. Из примерно 40 тыс. немецких подводников около 24 тыс. погибли, а 5 тыс. попали