Несмотря на то что весной 1943 г. Липпиш ушел с фирмы «Мессершмитт», RLM сохранило за ним контрольные функции в программе Me 163. К концу 1944 г. на фирме «Мессершмитт» построили три опытных Me 163С. Эти машины отличались от серии B несколько увеличенным фюзеляжем, гермокабиной с более обтекаемым фонарем и двухкамерным ЖРД HWK 509C-1. Вооружение предполагалось увеличить до четырех пушек MK 108 в корнях крыла, позднее оно стало состоять из двух пушек MK 108 и двух пушек MK 103. Для Ме 163C продолжительность полета составляла 19 минут, он мог лететь со скоростью 600 км/ч в течение почти 10 минут с работающим двигателем. К 19 сентября 1944 г. всесторонние летные испытания Ме 163C были закончены, но дальнейшая судьба опытных машин неизвестна.
В том же году разработали проект Me 163D. Машина имела новый, более вытянутый фюзеляж, трехколесное убираемое шасси, каплевидный фонарь, выступавший над фюзеляжем, увеличенные емкости топливных баков и двухкамерный ЖРД HWK 509C-1. Первая опытная машина этой серии была построена в конце весны 1944 г. и прошла летные испытания в бездвигательном варианте. Однако RLM, посчитав, что фирма «Мессершмитт» в силу загруженности другими программами не успеет вовремя довести этот проект до серийного производства, передало проект Mе 163D фирме «Юнкерс».
Характеристики Me 163B Komet («Комета»): экипаж – 1 человек, силовая установка – 1 х ЖРД HWK 509А-2 тягой 1700 кгс, размах крыла – 9,32 м и его площадь – 19,6 м2, длина самолета – 5,7 м, высота – 2,74 м, вес пустого – 1980 кг, взлетный вес – 4310 кг, максимальная скорость – 900 км/ч, практический потолок – 12 000 м, время набора высоты 11 000 м – 3 минуты, продолжительность полета с работающим двигателем – от 8 до 15 минут, радиус действия – до 100 км, вооружение – 2 пушки MK 108 калибра 30 мм или 2 пулемета MG 151/20 калибра 20 мм.
Как уже говорилось выше, проект Mе 163D передали для дальнейших работ на фирму «Юнкерс». После некоторой доработки проекта 25 сентября 1944 г. на заводе фирмы в Дессау был представлен полноразмерный деревянный макет истребителя, получившего в RLM обозначение Ju 248. Однако В. Мессершмитт добился изменения обозначения самолета на Me 263A, мотивируя это тем, что основные технические решения, реализованные в нем, были получены на фирме «Мессершмитт».
Первый опытный образец самолета в январе 1945 г. находился еще в производстве, когда руководство люфтваффе потребовало организации его массового выпуска. Первый полет опытной машины состоялся 8 февраля 1945 г., в течение месяца к ней присоединились еще две опытные машины, но далее работы по Ме 263A были остановлены, потому что ограниченные производственные мощности были необходимы для постройки реактивных самолетов Ме 262 и Не 162. По некоторым данным, к концу войны англичане захватили 18 недоукомплектованных машин.
Характеристики Me 263: экипаж – 1 человек, силовая установка – 1 х ЖРД HWK 509С-1 тягой 2000 кгс, размах крыла – 9,5 м и его площадь – 17,8 м2, длина самолета – 7,9 м, высота – 3,17 м, вес пустого – 2200 кг, взлетный вес – 5300 кг, максимальная скорость – 950 км/ч, практический потолок – 12