В сентябре 1939 г. фирма «Юнкере» представила в рейхсминистерство авиации проект высотного самолета Ju-86H. Он предусматривал переделку имевшихся Ju-86D путем установки новых двигателей с турбокомпрессорами и полностью герметизированной кабины для экипажа. Командование люфтваффе практически сразу же одобрило проект, поскольку в случае удачного исхода он давал возможность заполучить «малой кровью» крайне необходимый высотный разведчик.
Фирма «Юнкере» получила заказ на переоборудование трех самолетов, которые получили обозначение Ju-86P. С них сняли все огневые пулеметные точки и установили шестицилиндровые дизельные двигатели Jumo 207А-1 с взлетной мощностью 950 л. с. Каждый из них имел два центробежных турбокомпрессора, один работал от выхлопных газов двигателя, а другой – от механического привода. Носовую секцию фюзеляжа заменили новой с двухместной гермокабиной. Она имела остекление из двойных плексигласовых панелей, между которыми находился осушенный воздух. Путем наддува воздуха из левого двигателя в кабине поддерживалось давление, равное давлению на высоте 3000 м. Одновременно этим же обеспечивался и обогрев кабины.
В феврале 1940 г. в воздух поднялся Ju-86P-Vl «D-AUHB», а в следующем месяце – Ju-86P-V2. Уже в ходе первых же испытательных полетов была достигнута высота 10 000 м. Однако при этом выяснилось, что подняться еще выше можно лишь путем увеличения площади крыла. Поэтому на Ju-86P-V3 установили новые плоскости размахом 25,6 м, и он достиг высоты 12 100 м.
Во время испытаний прототипов был разработан типовой план боевого вылета. Самолет набирал высоту 11 000 м в течение 45 минут после взлета, пролетая за это время около 265 км. Длительность полета на этой высоте могла составлять два с половиной часа. На подходе к цели, приблизительно за 200 км, начинался постепенный подъем на 12 000 м. В 100 км двигатели заглушались, и разведчик совершенно бесшумно проходил над целью. После этого пилот снова выводил двигатели на рабочий режим и набирал прежние 11 000 м. Общая продолжительность вылета при запасе топлива в 1000 л составляла четыре часа.
Результаты полетов трех прототипов Ju-86P полностью удовлетворили техническое управление рейхсминистерства авиации. Поэтому еще до завершения всей программы испытаний оно выдало фирме «Юнкере» заказ на переоборудование сорока Ju-86D. Одновременно один из прототипов летом 1940 г. был передан в группу Ровеля для войсковых испытаний. Он выполнил несколько разведывательных полетов над Англией на высотах 12 500– 14 020 м, и при этом англичане даже не обнаружили его.
Переделка самолетов велась в двух вариантах: Ju-86P-1 мог нести небольшую бомбовую нагрузку и использоваться как высотный бомбардировщик, a Ju-86P-2 имел три автоматические фотокамеры Rb 50/30 и был разведчиком. Соответственно их максимальный взлетный вес составлял 10 400 кг и 9500 кг.
Первые восемь машин были готовы к началу