Место в районном комитете по управлению имуществом Петербурга Греф получил еще будучи аспирантом. Он стремительно продвигался по службе и вскоре перебрался в «головной офис» – Комитет по управлению городским имуществом (КУГИ). Начальником комитета был Михаил Маневич. Трехлетняя работа с этим человеком оказала большое влияние на реформаторские взгляды Грефа. Друг и единомышленник Анатолия Чубайса, Маневич был последовательным сторонником широкой приватизации, видя в государстве законодателя, судью и регулятора, но только не эффективного собственника. Рыночные отношения в России только зарождались, а в Петербурге уже был специалист по рыночной экономике, скажут впоследствии о Маневиче его коллеги.
Начальник Грефа пытался вдохнуть жизнь в подведомственный ему сектор городской недвижимости. Маневич верил в силу частной собственности, когда всё кругом было казенным. Он составлял реестры городских зданий, закладывал основы их рыночной оценки и в целом пытался предопределить цивилизованное развитие рынка, власть над которым чиновникам приходилось все чаще делить с криминальным миром. В конечном итоге Маневич поплатился за это жизнью. В 1997 году он был застрелен киллером из автомата Калашникова по пути на работу (ни заказчики, ни исполнители впоследствии так и не были найдены). На девятый день после трагедии Германа Грефа представили в качестве нового руководителя комитета.
Греф взялся реформировать жилищно-коммунальное хозяйство. Он хотел приобщить к рынку его, по сути, все еще советскую экономику. Петербург не был подарком. Роскошные фасады особняков скрывали дворы, похожие на преисподнюю. Почти каждый пятый житель северной столицы проживал в коммуналке. Ветхость коммуникаций поражала воображение. Но главное, никто ничего не хотел менять.
Греф не ждал, что изменениям в работе ЖЭКов будут рукоплескать. Популярные реформы – почти оксюморон, все равно что холодное отопление. Но прививать конкурентную культуру водопроводчикам и электрикам оказалось делом вдвойне неблагодарным.
Энергичного главу КУГИ обвиняли во всех грехах. Коммунальщики невзлюбили его как возмутителя спокойствия, а пенсионеры – как виновника роста тарифов на услуги ЖКХ. Скандал омрачил даже открытие поселка для потомков высланных немецких колонистов. Греф решил переселить их из Казахстана под Петербург (в Стрельну),