В 1959 году вышел в свет его роман «Дом Кёко», на создание которого ушло около двух лет и который, по замыслу автора, был своеобразной антитезой «Золотому храму»: если «Золотой храм» представлял собой глубокий анализ внутреннего мира отдельного человека, то в «Доме Кёко» центральное место заняло отображение современной эпохи в целом. Мнения литературных критиков разделились: Такэо Окуно назвал роман шедевром, в то время как Кэн Хирано и Дзюн Это единодушно оценили «Дом Кёко» как полный провал. Реакцию читательской аудитории, склонявшейся, в целом, к мнению Хирано и Это, также нельзя было назвать положительной. В результате Юкио Мисима, дотоле избалованный успехом, впервые в своей литературной деятельности испытал действительно сильное разочарование, что сказалось на всей его дальнейшей карьере.
Тем не менее, последовавший за публикацией «Дома Кёко» период оказался весьма плодотворным для не утратившего своей популярности Мисимы. В эти годы он написал романы и повести «После банкета» (1960), «Красивая звезда»(1962), «Шёлк и проницательность» (1964) и новеллу «Сэмбэй (вид японского рисового крекера – В.А.) за десять тысяч иен» (1960)».
За «Сэмбеем за десять тысяч иен» последовали новеллы «Патриотизм» (1961), «Меч» (1963), пьесы «Розы и пираты» (1958), «Тропические деревья» (1960), «Кото (японская цитра – В.А.), приносящее радость» (1963) и другие сочинения.
В личной жизни Юкио Мисимы также произошли немаловажные изменения. В 1958 году он женился на Ёко Сугияме, дочери известного мастера классической японской живописи Ясуси Сугиямы. Вместе с молодой женой Мисима поселился в новом особняке, построенном в викторианском стиле (проектирование и строительство особняка было осуществлено известной японской строительной компанией «Симидзу кэнсэцу»). Однако вслед за долгожданным завершением строительных работ начался период разного рода неприятностей и неурядиц. В их числе были скандал и судебный процесс, затеянный дипломатом Хатиро Аритой, обвинившим Мисиму в 1961 году в том, что писатель в своем произведении «После банкета» нарушил право Ариты на неприкосновенность частной жизни (процесс был прекращён лишь со смертью Ариты в 1965 году). Кроме того, в том же 1961 году Мисима начал получать послания, содержащие угрозы физической расправы, от правых радикалов. Недовольство японских правых Юкио Мисимой было вызвано широко