Довіра московського уряду до Івана Виговського почала зменшуватися в 1657 році. Старшина, що керувалася вже тяжко хворим гетьманом і його найближчим помічником, виявляла своє незадоволення Віленським перемир'ям, категорично відмовлялася розірвати стосунки зі шведським королем, до Москви полетіли доноси на генерального писаря від його недоброзичливців, які запевнювали царських чиновників в тому, що Виговський замислив «неправду» проти государя. Тим не менш, росіяни не поспішали сваритися з впливовим українським політиком.
А він тим часом крокував до гетьманства. Доволі швидко Івану Виговському вдалося впевнити авторитетних представників верхівки Війська Запорозького в тому, що Юрась Хмельницький ще не в змозі керувати Гетьманщиною. Козацька рада в Корсуні обрала Івана Виговського повноправним господарем булави. До цього він був свого роду опікуном при гетьмані.
Щоправда, вже тоді у Виговського були вороги серед козацтва. Колишній генеральний писар був представником поміркованого табору в політикумі Війська Запорозького. До нього входили заможні (в тому числі, забагатілі під час війни) козаки. Майнова і правова нерівність, що посилювалася серед козаків, не могла не відобразитися на політичних поглядах українців. Учасники кривавих боїв з поляками не хотіли повертатися до тяжкої праці хлібороба – хоч би і під владою «своїх» – членів козацької старшини. Шляхетське виховання багатьох козацьких керівників підштовхувало їх до пошуку компромісу з «ляхами», що також викликало роздратування рядових козаків. Вони звертали свої погляди вже не на гетьманську столицю, а на Запорозьку Січ – традиційний оплот демократії та колиску визвольної війни. Серед козацьких полковників з'являються такі, що відкрито апелювали до низів, критикували чигиринських користолюбців на чолі з Виговським.
Однак земельна власність козацької старшини формувалася поки що доволі повільно, і взагалі різниця в правовому статусі землеволодіння стала однією з причин появи напруги в відносинах України з Москвою. В Московській державі того часу панувала велика земельна власність у формі вотчини, власник якої мав повне право розпоряджатися цією землею. Існувало також помісне землеволодіння, ці землі вручалися за несення державної і військової служби і не могли бути подаровані або продані поміщиком. Власне, помістя могло бути у будь-який час конфісковане царем і передано іншій особі. Дуже важливо, що в 1649 році значна більшість селян перебували в кріпосній залежності – до речі, на відміну від багатьох західноєвропейських держав, де кріпацтво в своїй класичній формі давно припинило існування.
В Україні ж війна різко змінила ситуацію, подібну до російської, яка існувала тут до 1648 року. Крупної земельної власності майже не залишилося, бо магнати – в переважній кількості поляки – вимушені