К вечеру воскресенья сопротивление было окончательно сломлено. Однако уже на следующий день боевики дважды атаковали Пресненский участок, стремясь освободить Шмита, но безрезультатно. На следующий день его вывезли в Петровский парк, где у него на глазах расстреляли нескольких захваченных рабочих-боевиков. Здесь, согласно докладным запискам Мина, Шмит и сломался, дал детальные показания об известных ему активных участниках восстания и просил отпустить его, так как уже «наказан убытком имуществу в 400 тысяч рублей» в результате разрушения фабрики и другого имущества. Но, опять же, сам Николай сообщал из тюрьмы, что он признался в помощи революционерам, однако никаких конкретных сведений полиции не давал.
Ближе к новому году Шмита перевели в Таганскую тюрьму, а 15 января 1906 года он оказался в Бутырском замке. Здесь на первом же допросе он отказался от показаний, данных ранее, и заявил: «…во время вооруженного восстания я никакого активного участия не принимал, с оружием не ходил, баррикад не строил, дружинниками не заведовал и никаких распоряжений насчет их деятельности не делал». Но уже спустя два дня Шмит снова сотрудничает со следствием: он назвал нескольких организаторов вооруженного восстания и признал себя виновным в регулярном выделении средств на нелегальные издания и покупку оружия для боевых дружин. Очевидно, юноше 22 лет от роду ясно дали понять, что церемониться с ним не будут, и вместо «царства социальной справедливости» его вполне может ожидать смертная казнь. Впрочем, по ходу следствия Николай несколько раз то отказывался от своих показаний, то вновь подтверждал их.
Все время, пока Шмит находился в Бутырках, младшие сестры добивались его освобождения под залог. Не оставляли без внимания дело Шмита и большевики. Что ими двигало – желание помочь попавшему в беду товарищу или стремление спасти «спонсора»? Однозначно сказать трудно, но, учитывая, как развивались события дальше, более вероятен все же второй вариант. Так или иначе, но по рекомендации Красина к делу Шмита в качестве официального защитника подключился присяжный поверенный Н. П. Малянтович – опытный правовед, связанный с рядом социал-демократических организаций.
В конце февраля 1906 года Николай Шмит выдал доверенность на управление всеми своими делами и принадлежащим ему имуществом сестре Екатерине, лишь на днях достигшей совершеннолетия. Сразу же после этого в качестве «партийного опекуна» возле девушки оказывается некто Н. А. Андриканис – кроме прочего, член финансовой комиссии московского комитета РСДРП. Вскоре Андриканис и Екатерина Шмит вступили в гражданский