Помимо полемического настроя, характерного для «Писем», Паскаль задумывает идею обращения к официальной церкви с наставлением. Он начинает создавать «Апологию христианской веры». Собирается завершить этот труд в 1658 году. Но болезнь лишает Паскаля сил, и он не дописывает свою работу.
Произведение «Мысли» впервые было опубликовано в 1669 году, уже после смерти философа. Оно представляет собой фрагменты разных сочинений Паскаля и особенно «Послания о благодати» и «Апологии христианской веры».
Как свидетельствуют современники, Паскалю была свойственна особая привычка создания своих работ: он долго мог удерживать в памяти какие-либо идеи, пока в уме они не приобретут законченный вид, и только потом переносил их на бумагу. Он сначала долго обдумывал и лишь затем записывал. Поэтому в его главном труде «Мысли» мы находим отрывки идей.
«Мысли» представляют собой не только апологетическое религиозно-философское, но и литературное произведение, созданное в жанре апологии христианской религии. Паскаль прекрасно владел латинским языком, являвшимся как языком науки, так и христианской веры. Поэтому в своем труде он часто ссылается на латинские и греческие цитаты из Священного Писания. В работе над «Мыслями» Паскаль опирался на произведения англиканских историков-библеистов (прежде всего – на «Анналы Ветхого и Нового Завета» Д. Ашера). Также историко-богословской основой создания этого труда стал латинский перевод Библии, считающийся единственным каноническим текстом Священного Писания в католической церкви, – Вульгата. Ее автор – Отец Церкви блаженный Иероним (Стридонский). Паскаль мастерски владел высоким стилем Библии, о чем свидетельствуют его цитаты, а также личный перевод фрагментов из пророков Священного Писания. «Мысли» написаны ярким и выразительным языком, что дает основание считать это произведение шедевром не только философской, но и литературной мысли Франции.
После смерти философа его старшая сестра Жильберта Паскаль (по мужу – Перье) составляет его биографию, которая должна была предварять посмертное издание. Однако книга не была опубликована сразу после кончины мыслителя ввиду ее резкой полемики с религиозной и государственной