Исследователи отмечают, что под его руководством велась интенсивная боевая подготовка бригады, отрабатывались срочные погружения, постоянно проводились торпедные стрельбы… Он стал настоящим наставником для целой плеяды советских подводников, некоторые из которых получили впоследствии адмиральские звания (А. Т. Заостровцев, М. П. Скриганов и другие).
В августе 1930 года под руководством А. А. Иконникова состоялся первый заграничный поход и официальный визит в Копенгаген двух советских подводных лодок: «Товарищ» (командир – А. А. Пышнов) и «Красноармеец» (командир – А. Г. Булавинец). А затем, в конце того же года, на флоте начались массовые аресты в рамках дела «Весна».
К концу января 1931 года в бригаде подводных лодок были арестованы как участники «контрреволюционной монархической офицерской организации»: ее командир А. А. Иконников, командиры дивизионов А. Н. Гарсоев, Н. А. Горняковский, командиры подводных лодок В. Н. Симановский, С. М. Жонголович, Г. И. Давыдов (командир ВСОН «Смольный»)…
Судебная коллегия ОГПУ приговорила А. А. Иконникова за контрреволюционную деятельность к 10 годам лагерей, но уже в декабре 1931 года, как мы знаем, большинство осужденных во внесудебном порядке были отпущены на свободу. Вышел из застенков и Иконников, но после этого ему уже не доверяли командных должностей. 15 декабря 1932 года он был назначен начальником штаба Учебного отряда подводного плавания, затем до 1938 года преподавал в этом отряде. В марте 1936 года стал капитаном 1-го ранга, в мае был назначен командиром отделения учебного дивизиона подводных лодок.
В очередной раз «рецидивист» А. А. Иконников оказался в тюрьме 8 декабря 1938 года. Не выдержав пыток, он дал признательные показания, что с 1920 года