А пока в срочном порядке только начиналась организация карантинов и госпиталей для больных. А. Ф. Шафонский вместе с другими русскими медиками добровольно остался работать в них. Он постоянно рисковал своей жизнью: с одной стороны, ему грозила опасность заражения чумой, с другой – народ, возмущенный недостаточно умелыми действиями московских властей, вымещал свое недовольство на врачей. Так, доктор чуть не стал жертвой разъяренных жителей Лефортовской слободы. С большим опозданием в Москве была учреждена специальная «Комиссия для предохранения и врачевания от моровой заразительной язвы», и первым в ее составе был А. Ф. Шафонский. Именно ему, по Указу Екатерины Великой, поручалось собрать все сведения о моровой язве и напечатать их.
И это неслучайно. А. Ф. Шафонский был образованнейшим человеком своего времени. Наряду с дипломом доктора медицины, полученным в Страсбургском университете, он окончил Галльский и Лейденский университеты, и вернулся в Россию с тремя дипломами – доктора правоведения, философии и медицины. Его выдающиеся способности, редкое трудолюбие, добросовестность, чувство долга выдвинули А. Ф. Шафонского в число знаменитых людей XVIII века. Он стал одним из первых теоретиков в российской эпидемиологии. После ликвидации эпидемии чумы в Москве он написал капитальную монографию «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 гг., с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений» с посвящением императрице Екатерины II. Эта книга представляет исключительный интерес. В ней А. Ф. Шафонский обобщил свой огромный опыт борьбы с чумой: подробно описал историю московской чумы, приложил к трактату различную документацию, связанную с эпидемией: указы, постановления, распоряжения, протоколы врачебных совещаний, особое мнение отдельных врачей, составы обеззараживающих средств и способы обеззараживания, правила изоляции и осмотра, содержание просветительских листков, сметы и счета отдельных учреждений.
А. Ф. Шафонский писал: Наше намерение единственно способствовать пользе народной, по оному мы и описываем сию болезнь так, чтобы оную и непросвященные науками поняли от прочих болезней отличить и в недостатке врачей и сами себя врачевать могли. Находясь в самом очаге эпидемии, он хорошо изучил болезнь, ее проявление и течение, создал стройную систему научных представлений о чуме, о путях ее распространения,