3 декабря 1897 года было подано прошение открыть Братство, и при нем – проект его устава. 8 июня 1898 года на имя священника Павла Кульбуша последовало утверждение устава из Консистории и разрешение открыть Братство. Оргкомитет под председательством о. Павла провел серию заседаний, и к концу ноября все было готово для торжественного открытия Братства. 29 ноября 1898 года в зале «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения» (ул. Стремянная, 21) состоялось первое заседание Братства. Началось оно с молебна, который был отслужен Преосвященным Вениамином (Муратовским), епископом Ямбургским. Затем прот. Ф. Орнатский, один из самых выдающихся деятелей столичного духовенства того времени, обратился к собравшимся со словом. После этого отец Павел Кульбуш ознакомил собрание с положением православных эстонцев в Петербурге, раскрыл значение Братства и его задачи. Было прочитано житие сщмч. Исидора Юрьевского – небесного покровителя Братства. Завершилось собрание традиционной молитвой и епископским благословением.
Чем занималось Братство? Проводились беседы и поучения для эстонцев на их родном языке, организовывались библиотеки, читальни, книжные склады, предпринимались издания духовной литературы на эстонском языке, оказывалась всевозможная помощь эстонской школе, проводились тематические вечера и т. п. Большое внимание уделялось материальной помощи бедным и нуждающимся. «Приезжает, например, в столицу крестьянка Мария М., у нее трое детей, старшему одиннадцать лет, и у него непонятная болезнь, требующая лечения опытного врача. Больного мальчика приняли в клинику Военно-медицинской академии, но трудно описать, сколько пришлось настрадаться бедной женщине, к тому же хворой и слабой. С ужасом вспоминается их смрадное жилище у Черной речки, холод и голоданье, т. к. редко находимая поденная работа не давала возможности ни согреться, ни поесть. Если бы не помощь Братства, назначившего ей ежемесячное пособие, неизвестно, чем бы кончила эта семья». (Приведено по материалам «Отчетов Братства».) И таких случаев было великое множество.
Одной из главных была, конечно, забота Братства о построении храма и приходского дома. 24 марта 1900 года Братство ходатайствует перед городской Думой о бесплатной уступке участка земли на соединении набережной Екатерининского канала с Екатерингофским проспектом, а затем представляет план застройки и эскизы зданий храма и церковного дома, безвозмездно выполненные архитектором А.А. Полещуком. В церковном доме предполагается разместить школу, общежитие для детей, зал для проведения бесед, читальню, библиотеку, книжный склад и квартиры для причта. 19 мая 1901 года Дума уступает землю, а 29 июня последовало высочайшее соизволение Государя императора на постройку эстонского храма и при нем дома. В августе месяце 1902 года строительная комиссия, возглавляемая отцом Павлом, приступает к работе и обращается в Синод с просьбой о проведении всероссийского сбора