Неодобрительно относившиеся к затеям мужа и отца, все они опасались новой женитьбы Мальцова, грозившей потерей наследства, поэтому хлопотали о передаче заводов под опеку, и, в конце концов, добились высочайшего повеления. Мальцов благоразумно отказался от борьбы с родными и уехал в Симеиз. Друзья сочувствовали ему, пытались помочь. Но в апреле 1888 года акционерное общество «Мальцовское фабрично-торговое товарищество» было признано несостоятельным должником.
Последние годы жизни Сергей Иванович жил в Крыму, в Симеизе, где развивал производство русского шампанского. Умер он в Симеизе в 1893 году, тело его было перевезено в Дятьково.
Похоронен генерал-промышленник в мальцовском фамильном склепе на кладбище при Дятьковском Преображенском храме. Склеп и кладбище, к сожалению, сравняли с землей. Люди уходят, а дела и их дома остаются. Как много видели, слышали стены старинных симеизских домов, наполненных тенями далеких предков!
В Симеизе сохранились дома сыновей Сергея Ивановича Мальцова, Николая и Ивана, основателей нового курорта в Крыму. Иван Сергеевич, генерал от инфантерии, поселился в западной части имения, а Николай Сергеевич, шталмейстер Двора Его Величества, – в старинном симеизском парке. Весьма солидный особняк Николая Мальцова был возведен в старом парке бывшей усадьбы Потоцкой в восточной части имения. Он, пожалуй, тянет даже на определение «дворец». Здание, возведенное в середине 1890-х годов, относительно неплохо сохранилось. Стиль можно охарактеризовать как близкий к неоренессансу с элементами ордерной архитектуры. Привлекает внимание мемориальная доска на фасаде, свидетельствующая, что здесь в 1885 году останавливался Л. Н. Толстой. Учитывая, что особняк построен спустя лет десять после визита графа, наверное, следует понимать, что Толстой останавливался не именно в этом доме, а в имении Мальцовых вообще.
В 1900 году Николай Сергеевич Мальцов построил небольшую обсерваторию вблизи шоссе Ялта-Севастополь, выписал из Германии у знаменитой фирмы «Цейс» астрономические инструменты, и коротал свободные часы, наблюдая за звездами, благо, малая облачность, сухость и прозрачность воздуха в Симеизе давали такую возможность. Симеизская обсерватория, основанная Николаем Сергеевичем Мальцовым, существует и поныне, в полной мере развлекая заезжих туристов. Но в те годы за создание и техническое оснащение обсерватории Н. С. Мальцов был избран почетным членом Российской академии наук.
Большая часть имения Мальцовых была с самого основания ничем не занята и не приносила дохода, так как представляла собой каменистую, безводную местность почти без растительности. В 1900 году у братьев появилась идея – использовать свои земли в коммерческих целях и создать на них дачный поселок, который, по их мнению, должен давать хорошие доходы. В Симеизе появилось общество