Древняя церковь в Пернае, где почитался, кроме святого Михаила, шведский воин святой Эрик, стояла уже в середине XIV века (в 1351-м она упоминается в письме короля Магнуса Эриксона), а каменную, как считается, начали строить в 1398-м и освятили в 1435-м. Полагают, что фрески на стенах этой церкви были написаны еще до того, как в первой половине XV века в ней сложили крестовые своды. Маркус Хиекканен придерживается мнения, что все каменные церкви XV века постройки либо перестройки были расписаны между 1430 и 1500 годом, и первой из них стала церковь в Пернае. Хиекканен думает, что строительство или модернизация этих церквей входили в военно-идеологический план контроля за финскими приграничными территориями, подчиненными Выборгскому замку. Для этого создавались специальные фонды, которые назывались по-латыни «фабрика», куда отчислялись идущие на финансирование стройки налоги.
В XIV веке церковь в Пернае подчинялась какое-то время эстонскому цистерцианскому монастырю в Падизе. Вместе с приходами Порвоо и Сипоо Пернаю отдал в кормление эстонцам Магнус Эриксон, который столь неудачно пытался расширить с эстонской территории на псковскую и новгородскую границы католических земель. Вообще существует основанная на топонимике гипотеза Карла Нордлинга о преимущественно эстонской культивации Уусимаа: якобы финны из Хяме лишь после шведов попали на берега, которые были обжиты гораздо раньше и гораздо более многочисленными эстонцами. Эстонцев в это время насчитывалось в Эстонии около 150 000, и доплыть им с другого берега Финского залива при скорости четыре узла составляло двенадцать часов. Монахи-вегетарианцы приплывали из-за моря, чтобы в этих дремучих лесах и гладких, как зеркала, заливах заниматься промыслом пропитания. Судьба их аббатства была не очень легкой (в Эстонии теснили более агрессивные конкуренты тевтонцы и ливонцы), и в Пернае им тоже не повезло: они дважды пытались здесь закрепиться, но так и не смогли (то есть все-таки места эти не были такими уж эстонскими), и в конце концов Магнус Таваст откупил у них эти земли. А в 1398 году папа Бонифаций IX отправил специальное послание, дарующее отпущение грехов тому, кто станет помогать постройке новой церкви